我使用这个模块来设计引物https://pypi.python.org/pypi/primer3-py,但我得到了意想不到的结果。在
import primer3
input_seq = 'TAGTTTATGACTATATGGGGAGGTAAATAATGTATGTACTTCAAGAAAATAGGACAGTAGACTGACTCTAAATAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTTTTTTTTTTTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGGGTGATTTTCAAAGAACAAGCATGGGCATATATTATAATGTCATATCACACCACTTGTTGGCTCTTCAAAAAGCAGTGGGGGTTAAGAATAATGGAGGTTTTCAACTCAAGATAAATGTGCATAACCAGAAATAGGAATAGAATATAATGCCACAGGTTAATTTTTGGTATTAACAATGATGAGATACTGAGAAGTTTCAGAAAATACCTTTTAGCCTGAAGCACTCCTAAATGTTAGGTAGAAAGTCATGTTTTAAATTTACACATAAGTCAATGCCCAAAAATTCAAATATAATGTGGAAACAAATACATATGATTTTTTGATTAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTATTTGTTGCATTGATAAGTCTATATGAATATTAACTTGTGGAATTAGAAGGACATTCATGCATTTCCAATTCAAAAATAGAATCCATCGACTGATCTTCAGGGACATTAATAGAAGAATCATTGAAATATAAAGTCACTAGTAAGTGATAAGTAATTTTGTTGACTAGAAAACTGTAAAATGTTGGTAGAAATAAAGTAGAAAACATTAGAGTGTTGGTGAAGGGACTCTAGGAAAGGTTGGTTGAGAAAAGCAAACGTCACCAGTCGTGCCCTGGTTTGTAAGTGTACATGTAACTACTGTTTTAAAAAGTAGATATGAAATCATTTCATGTGCTATTAGTCATGTCAAGAGGAGCTTTCAATGTATTTCACAGTATGTATACATATATTATGTTCAATTAGCAGACTCTGACTCAGATACAAAAGGCTCTTTGTCCATATGTGGAAATACTGATACTGTTTTAATTAATATTCTTTTATGTTTTGTACCAATGAGGATTATTTTAGAGTTCGAGTCATGAATTCTTTACGTGGAGGCATGACTGGAGCATGTTTAAATGAAACAAGTAGTATAAAGACATGTAGATATTGGCACTATGAATGAGAATAAAAAGATATTCTCAAAATTTATGTAAGAAGTTGTCTTAAACTTGGGTAATGATCCCTTAGGTCTTTTCCTAATTGAATGTGTCAGTTATGAAAATTGTGACTAGCGCACTTAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTAATACCGAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAACTTCCTCATAAAATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCTTCTTTAGCAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTTTACTTTGATGGTGAATAAGGGGGACACTTATCAGGCTAAACACTGTAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA'
primer = (primer3.bindings.designPrimers(
{
'SEQUENCE_ID': 'hmhm',
'SEQUENCE_TEMPLATE': input_seq,
'SEQUENCE_EXCLUDED_REGION': [0, 0]
},
{
'PRIMER_TASK': 'generic',
'PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER': 1,
'PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO': 0,
'PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER': 1,
'PRIMER_NUM_RETURN': 5,
'PRIMER_OPT_SIZE': 20,
'PRIMER_MIN_SIZE': 18,
'PRIMER_MAX_SIZE': 25,
'PRIMER_OPT_TM': 60.0,
'PRIMER_MIN_TM': 57.0,
'PRIMER_MAX_TM': 63.0,
'PRIMER_MIN_GC': 20.0,
'PRIMER_MAX_GC': 80.0,
'PRIMER_MAX_POLY_X': 5,
'PRIMER_SALT_MONOVALENT': 50.0,
'PRIMER_DNA_CONC': 50.0,
'PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED': 0,
'PRIMER_MAX_SELF_ANY': 12,
'PRIMER_MAX_SELF_END': 8,
'PRIMER_PAIR_MAX_COMPL_ANY': 12,
'PRIMER_PAIR_MAX_COMPL_END': 8,
'PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE': [[len(input_seq)-200,len(input_seq)]],}))
print primer
我想设计PCR引物,但由于某些原因它似乎失败了,因为没有设计内部寡核苷酸(据我所知)。它说有5个正常的右引物和6个正常的左引物。为什么不直接输出呢?在
^{pr2}$编辑:
如果目标区域没有引物,我使用while循环继续设计引物。为了确定要展开的哪一面,即哪一面未能生成primer,我使用'PRIMER_LEFT_EXPLAIN'
和'PRIMER_RIGHT_EXPLAIN'
中的值。这对我发布的示例不起作用,而且由于我没有得到primer3 standalone提供的primer对输出,我不确定如何解决这个问题。在
while len(primer.keys())/20 == 0:
if int(primer['PRIMER_LEFT_EXPLAIN'].split(' ')[-1]) == 0:
print 'Expanding Left', primer['PRIMER_LEFT_EXPLAIN'].split(' ')[-1]
start += -50
elif int(primer['PRIMER_RIGHT_EXPLAIN'].split(' ')[-1]) == 0:
print 'Expanding Right', primer['PRIMER_RIGHT_EXPLAIN'].split(' ')[-1]
end += 50
else:
print primer
raise Warning('Both sides have primers')
input_primer3 = str(mm10_chr14_rec.seq[start:end].upper())
primer = (primer3.bindings.designPrimers(
{
'SEQUENCE_ID': 'hmhm',
'SEQUENCE_TEMPLATE': input_primer3,
'SEQUENCE_EXCLUDED_REGION': [excl_start, excl_length] #start, length; might want to extend region?
},
{
'PRIMER_OPT_SIZE': 20,
'PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO': 0,
'PRIMER_MIN_SIZE': 18,
'PRIMER_MAX_SIZE': 25,
'PRIMER_OPT_TM': 60.0,
'PRIMER_MIN_TM': 57.0,
'PRIMER_MAX_TM': 63.0,
'PRIMER_MIN_GC': 20.0,
'PRIMER_MAX_GC': 80.0,
'PRIMER_MAX_POLY_X': 100,
'PRIMER_SALT_MONOVALENT': 50.0,
'PRIMER_DNA_CONC': 50.0,
'PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED': 0,
'PRIMER_MAX_SELF_ANY': 12,
'PRIMER_MAX_SELF_END': 8,
'PRIMER_PAIR_MAX_COMPL_ANY': 12,
'PRIMER_PAIR_MAX_COMPL_END': 8,
'PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE': [[len(input_primer3)-200,len(input_primer3)]],}))
if end-start > 8000:
print 'PCR fragment is bigger than 8000 bp after extending bounds'
# raise Exception('PCR fragment is bigger than 8000 bp after extending bounds')
if end-start > 8000:
print input_primer3
print 'size', end-start
没有设计内部寡头,因为您使用了参数['PRIMER_PICK_internal_oligo':0]。空引物对的主要原因是输入序列中的“Ns太多”,因此程序无法计算GC值和估计Tm。在
对于primer3独立版,错误消息更详细:
问题似乎在于你的职能:
^{pr2}$你的序列有5318个碱基的长度,而primer3被要求得到长度在5118到5318个碱基之间的乘积,考虑到序列中的许多n,这是相当困难的。
试着去除底漆产品的尺寸范围,你会得到一些结果。在
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