Python ncbi_专题 - Python中文网

当前热门话题： Python ncbi: 本站为您提供最新、最全的ncbi的Python教程、文档、代码、资源等相关内容，Python中文网技术交流社区同时还提供学习资源下载，如：电子书、IDE编辑器软件、编程视频、代码规范标准、WEB开发、GUI、科学计算与人工智能等相关内容。

本文网址：https://www.cnpython.com/tags/249741
欢迎加入QQ群-->： 979659372

关于ncbi 相关联的Python项目和问题：

用于搜索专利数据库的Python模块，即USPTO或EP

为了我的工作，我必须在生物医学研究和工业领域找到潜在的客户。我用biopython模块编写了一些非常方便的程序，它有一个很好的界面来搜索NCBI。我还使用了“临床试验”模块来搜索clinical t ...

2024-05-13 已阅读: n次

Crontab不能运行python脚本

当我从命令行执行python脚本时，我没有这样的问题： [rv@med240-183 db]$ python formatdb.py [rv@med240-183 db]$ 当我尝试每午夜 ...

2024-05-13 已阅读: n次

为什么ftp目录列表这么慢？

以下程序给出以下输出： Listing directory ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/SeriesMatrix 1.1 Mbyte 229.0 s 38 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python调用多个URL并从中提取数据

我想写一个脚本来调用一个网页(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi？mode=Tree&；id=7742&lvl;=3 ...

2024-05-13 已阅读: n次

BioPython：跳过糟糕的gidEntrez.e摘要/Entrez.阅读

很抱歉这个奇怪的标题。在我正在使用eSearch&esSummary;从登录号-->；gID-->TaxID 假设“accessions”是一个包含20个登录号的列表（我一次只做20个，因为 ...

2024-05-13 已阅读: n次

Python:没有csv.close（）？

我正在使用CSV模块读取一个制表符分隔的文件。代码如下： z = csv.reader(open('/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/output.blast'), del ...

2024-05-13 已阅读: n次

DNA到蛋白质的翻译不正确

我没有错。始终刷新缓存和本地内存用于验证翻译的资源： [NCBI蛋白质翻译工具][1]（验证） [文本比较][2]（验证） [解决方案][3] 300个DNA字符->；100蛋白焦 # dn ...

2024-05-13 已阅读: n次

beautifulsoup web爬网搜索id lis

我正试图爬过ncbi eutils webpage。我想从web上抓取Id列表，如下所示：代码如下： import requests from bs4 import BeautifulSo ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何在biopython entrez.esearch中下载完整的基因组序列

我只需要从NCBI（GenBank（full）格式）下载完整的基因组序列。我感兴趣的是‘全基因组’而不是‘全基因组’。我的剧本： from Bio import Entrez Entrez.emai ...

2024-05-13 已阅读: n次

如何获取.content中未包含的HTML标记中的文本？

我想把像这样的页面中的文本：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/p22217刮成一个字符串。尤其是DBSOURCE中的文本块我似乎有很多关于使用的建议汤.fin ...

2024-05-13 已阅读: n次

加载NCBITaxa崩溃

我在功能强大的服务器上使用ete2模块已经有一段时间了。一切都很好，直到它开始运行非常缓慢（每分钟一个get_taxid_translator()函数），现在我甚至无法通过ncbi = NCBITa ...

2024-05-13 已阅读: n次

使用Python通过流将数据从FTP服务器传输到S3时出现问题

我希望将文件夹的内容从ftp服务器传输到s3中的bucket，而无需写入磁盘。目前，s3获取文件夹中所有文件的名称，但没有实际数据。文件夹中的每个文件只有几个字节。我不太清楚为什么不上传整个文件。在 ...

2024-05-13 已阅读: n次

vstat

V-统计实现v-统计量，这是一种比较估计值的度量普通最小二乘估计对随机基准的精度。请看这里的文章：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/23661222/哪 ...

2024-05-13 已阅读: n次

multifastadb

multifastadb将索引的fasta文件的集合显示为单个来源。其目的是简化对分布在多个文件中的序列。 $pip安装多数据库 $python >>> from multifa ...

2024-05-13 已阅读: n次

deflake

通过运行非确定测试（或任何不稳定的程序）直到它以非零退出代码退出，帮助调试该测试。有关更多详细信息，请参见https://github.com/ncbi/deflake ...

2024-05-13 已阅读: n次

pyblast

手动运行NCBI爆炸当然不是火箭科学，但是与此相比，模块提供了几个好处：为系统上的每个CPU自动运行一个BLAST进程；比-num_threads选项获得更好的吞吐量提供一个迭代器api，它 ...

2024-05-13 已阅读: n次

mutagene

诱变剂用于突变分析的python包项目网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/mutagene/ 通过比较预期的易变性与癌症患者观察到的复发率，对突变进 ...

2024-05-13 已阅读: n次

ncbitax

使用ncbi分类数据库的软件包 ...

2024-05-13 已阅读: n次

medgen

2015年8月19日此软件包正在生产中使用，目前正在上载开源软件包。源文件和包安装将在30天内完成。 ...

2024-05-13 已阅读: n次

scry-blast

用运行ncbi的blast程序的过程扩展sparql的scry服务此包Python名称：scry-blast 目前版本： scry-blast 0 ...

2024-05-13 已阅读: n次

genetic-collections

遗传集合连接遗传记录和样本数据的python库。安装此软件需要python 3.5或更高版本的工作安装。python安装应该附带一个名为“pip”的命令行工具，用于从python包索引 ...

2024-05-13 已阅读: n次

ncbi-genome-download

NCBI基因组下载脚本一些从NCBI下载细菌和真菌基因组的脚本不久前重组了他们的ftp。想法不知羞耻地从Mick Watson的Kraken Downloader中窃取脚本这也可以在m ...

2024-05-13 已阅读: n次

genomep

#基因拷贝[！[Bioconda徽章]（https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg？style=flat） ...

2024-05-13 已阅读: n次

taxonomylite

一个简单的单文件解决方案，当你想检查一个有机体是否一个来自另一个的后代，但不需要完整的系统发育树操作库。库只是一个仅依赖于标准库的单个文件。通过复制此脚本，您可以轻松地将其嵌入到另一个库中。 ...

2024-05-13 已阅读: n次

NCBI-Companion

ncbi_同伴简介 ncbi_companion的目标是使用genbank entrez实用程序构造数据库、生成fasta文件和分类映射。 Biopython版权属于Biopython团队 Entr ...

2024-05-13 已阅读: n次

taxadb

税收 taxadb是一个本地查询ncbi分类法的应用程序。taxadb是用python编写的，并使用peewee库访问其数据库。简言之，税收：是一个查询ncbi分类法的小工具。是用 ...

2024-05-13 已阅读: n次

ncbi

那NCBI C++ Toolkit 为分析、检索和 DNA和蛋白质序列及相关数据的处理，以及通用功能。这包括（反）序列化和操作 NCBI数据模型类型的实例（通常由ASN.1规范定义）。 <> > C ...

2024-05-13 已阅读: n次

pytaxa

pytaxa 信息最低python版本：3.5 pytaxadocs 查看姐妹R包：taxa 安装稳定版本 pip install pytaxa pip3 install pyta ...

2024-05-13 已阅读: n次

Bio_Eutils

bio-eutils是entrez的独立版本以及medline biopython（http://www.biopython.org）模块。它用于访问到ncbi e-utilities（http: ...

2024-05-13 已阅读: n次

genome-update

#基因组更新 genome_update是一个从ncbi下载基因组并将其信息保存在yaml文件中的包。它还可以使用本地的yaml文件来更新和下载新的基因组。还计算每个基因组的序列统计数据，并将其添 ...

2024-05-13 已阅读: n次

geoDL

请注意，geodl是beta版本，因此预计会有错误 geodl是一个从GEO-NCBI下载fastq文件的python程序。该程序输入一个地理访问号码，并在EMBL-EBI/ENA网站上执行搜索，以 ...

2024-05-13 已阅读: n次

brocc

brocc 从blast结果生成基于一致性的分类分配。使用brocc时请引用以下文件： Dollive S、Peterfreund GL、Sherrill Mix S、Bittinger K、Sin ...

2024-05-13 已阅读: n次