pyblast 0.1

示例

下面是一个简单的例子，其中有一些相关的评论 功能

import pyblast

with open('data.fasta') as f:
    # Use the pyblast.blastx() iterator function
    for r in pyblast.blastx(f, db='/path/to/swissprot'):
        msg = 'query {} has {} hits'.format(r.query_id, len(r.hits))
        if r.hits:
            # Use Hit.evalue as a float for comparison
            min_evalue = sorted([h.evalue for h in r.hits])[0]
            msg += '; minimum evalue {:f}'.format(min_evalue)

        print msg

这将产生如下输出

query M00181:167:000000000-A4VBV:1:1101:11880:1874 1:N:0:6 has 6 hits; minimum evalue 0.310000
query M00181:167:000000000-A4VBV:1:1101:17067:1875 1:N:0:6 has 14 hits; minimum evalue 0.200000
query M00181:167:000000000-A4VBV:1:1101:15039:1878 1:N:0:6 has 4 hits; minimum evalue 4.400000
query M00181:167:000000000-A4VBV:1:1101:17090:1895 1:N:0:6 has 6 hits; minimum evalue 1.700000
query M00181:167:000000000-A4VBV:1:1101:15843:1907 1:N:0:6 has 2 hits; minimum evalue 1.800000

API

blastn(input_file, *args, **kwargs)

使用迭代器处理fastainput_file的内容 blastn；生成Result对象。

参数*args和**kwargs控制blastn如何 调用。前者作为没有值的选项传递，而 后者作为带值的选项传递。例如， blastn(some_file, 'ungapped', db='foo/bar')将运行blastn 使用-ungapped-db foo/bar选项。

此外，以下关键字参数是专门处理的，并且 不会传给blast:

• pb_num_processes：要生成的blast进程数；默认值为sysconf(SC_NPROCESSORS_ONLN)
• pb_fields：i可为每次命中检索字段名；默认值为DEFAULT_HIT_FIELDS。有效字段名（及其含义）的列表可以在blastn -help的*** Formatting options部分找到。

blastp(input_file, *args, **kwargs)

请参阅blastn的文档。

blastx(input_file, *args, **kwargs)

请参阅blastn的文档。

Result

爆炸处理单个查询序列的结果。一套 此对象的属性为：

• id：查询序列的标识符；可以是None
• description：查询序列的文本描述；可以是None
• hits：由Hit个对象组成的数组

Hit

Result对象中的单个序列命中。

此对象的属性是请求的字段的名称 爆炸。例如，如果使用pb_fields=['qseqid',...]运行blastn，则可以访问^{tt3}的qseqid值。$ 对象h就像这样：h.qseqid。引用的字段不是 请求的blast值为None。

此外，blast字段被转换为它们的本地python类型。 例如，evalue字段自动转换为浮动字段 点值。

DEFAULT_HIT_FIELDS

为每个Hit对象返回的默认字段。

VERSION

正在使用的pyblast版本。这可以用来 比特征检测更容易确定模块的哪些特征 有空。