genetic-collections 0.1.9

安装

此软件需要python 3.5或更高版本的工作安装。python安装应该附带一个名为“pip”的命令行工具，用于从python包索引pypi下载包。运行下面的命令，你就可以走了！

pipinstallgenetic_collections

命令行用法

从pip安装还应该安装几个命令行程序，这些程序充当此处包含的代码的包装器。

以下是可用的命令行工具：

• ncbi_inst_search

$ ncbi_inst_search "Smithsonian"6 matching results found.
 Fetching biocollection entries.
 [{"Collection Type": "museum",
     "gb_count": 20697,
     "Country": "USA",
     "Institution Code": "USNM",
     "NCBI Link": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biocollections/53",
     "Institution Name": "National Museum of Natural History, Smithsonian Institution"},
   {"Collection Type": "herbarium",
     "gb_count": 5269,
     "Country": "USA",
     "Institution Code": "US",
     "NCBI Link": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biocollections/7399",
     "Institution Name": "Smithsonian Institution, Department of Botany"},
   ...

• GB_搜索

$ gb_search -inst_code USNM

Your search found 20697 hits in GenBank
You can see you search results online at
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=%22collection+USNM%22%5Bprop%5D

• GB U获取
• bold U INST U搜索
• 粗体搜索
• bold U FETCH

python库的使用

说明如何使用python库的最好方法是在jupyter笔记本的“examples”目录中查看示例工作流。

如何贡献

冒名顶替综合症免责声明：我需要你的帮助。不，真的。

可能有一个小小的声音告诉你你还没有准备好；你需要做一个更多的教程，或学习另一个框架，或写更多的博客文章之前，你可以帮助我这个项目。

我向你保证，事实并非如此。

这个项目有一些明确的贡献准则和期望，你可以在这里阅读（链接）。

贡献准则概述了合并修补程序所需遵循的过程。通过明确期望和过程，我希望这将使你更容易作出贡献。

你不需要写代码。您可以通过编写文档、测试，甚至对此工作提供反馈来提供帮助。（是的，这包括对贡献指南提供反馈。）

感谢您的贡献！

下一步

• 结合混音标准
• 添加将genbank和粗体结果转换为dwc格式的功能，以便进行比较
• 添加idigbio和gbif api作为样本数据的数据源（和genbank访问）

学分

“如何贡献”摘自https://github.com/adriennefriend/imposter-syndrome-disclaimer。

这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。