用基因组从ncbi汇编文件更新本地目录的脚本。
genome-update的Python项目详细描述
#基因组更新
genome_update是一个从ncbi下载基因组并将其信息保存在yaml文件中的包。 它还可以使用本地的yaml文件来更新和下载新的基因组。
还计算每个基因组的序列统计数据，并将其添加到yaml文件中。
##入门
这些说明将提供如何安装和使用软件的信息。
###先决条件
Python 熊猫 皮亚姆
###如何安装
要安装genome_update，您可以直接从github下载源代码并自行构建，一个更简单的选择是使用pip。
通过PIP安装：
` pip install genome_update ` pip还将安装所有先决条件。还建议更新所有先决条件。
安装基因组更新和升级先决条件：
` pip install genome_update --upgrade `
###用法
下载特定属的所有基因组： ` genome_update -g <Genus> `
下载特定属的所有基因组，但速度要快得多： ` genome_update -g <Genus> -p <threads> `
将特定属的所有基因组下载到特定目录（默认为/genomes），但速度要快得多： ` genome_update -g <Genus> -p <threads> -o <directory> `
下载特定物种的所有基因组： ` genome_update -g <Genus> -s <species_taxid> `
要更新本地yaml文件，请执行以下操作： ` genome_update -u-i <yamlfile> `
要从本地yaml文件下载丢失的基因组： ` genome_update -d-i <yamlfile> `
要从细菌以外的域下载基因组，请执行以下操作： ` genome_update -domain <domain> -g <Genus> `
##作者
- emil samuelsson-initial work-[emisam]（https://github.com/Emisam）
##许可证
此项目是根据麻省理工学院的许可证授权的-有关详细信息，请参见[许可证]（license）文件
##致谢
- 感谢kblin在ncbi_genome_下载中所做的出色工作，它在编写genome_update时提供了很多灵感。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
