geoDL 1.0b13

依赖关系

• geodl应该同时使用python3和python2但是测试必须仍然运行
• beautifulsoup4，colorama和6python包是必需的
• wget在内部使用，因此是geodl的依赖项

安装

在Linux和MacOSX上

$ pip install --user geoDL

请注意，安装beta版本可能需要标志–pre。

用法

  usage: geoDL.py [-h][--dry][--samples [SAMPLES [SAMPLES ...]]][--colname COLNAME]{geo,meta,ena} GSE|metadata|ENA

{geo,meta,ena}        Specify which type of input
GSE|metadata|ENA      geo:  GSE accession number, eg: GSE13373
                            Map the GSE accession to the ENA study accession and fetch the metadata

                      meta: Use metadata file instead of fetching it on ENA website (bypass GEO)
                            Meta data should include at minima the following columns: ['Fastq files
                            (ftp)', 'Submitter's sample name']

                      ena:  ENA study accession number, eg: PRJEB13373
                            Fetch the metadata directely on the ENA website

  optional arguments:
    -h, --help            show this help message and exit
    --dry                 Don't actually download anything, just print the wget
                          cmds
    --samples [SAMPLES [SAMPLES ...]]
                          Space separated list of GSM samples to download. For
                          ENA mode, subset the metadata
    --colname COLNAME     Name of the column to use in the metadata file to name
                          the samples

示例

下载元数据和GSE13373系列的所有示例，并将其重命名为示例名称：

$ geoDL geo GSE13373

仅下载一些示例：

$ geoDL GSE13373 -s GSM00001 GSM00003

下载使用预先下载的元数据并使用列run_alias作为示例的名称：

$ geoDL meta my_metadata.txt --column run_alias

使用ENA代码而不是GSE代码：

$ geoDL ena PRJEB13373

β测试

• 测试python2支持
• wget的测试处理

更改日志

changelog