- 当前热门话题：
Python genome
-
本站为您提供最新、最全的genome的Python教程、文档、代码、资源等相关内容，Python中文网技术交流社区同时还提供学习资源下载，
如：电子书、IDE编辑器软件、编程视频、代码规范标准、WEB开发、GUI、科学计算与人工智能等相关内容。
本文网址：https://www.cnpython.com/tags/248860
欢迎加入QQ群-->： 979659372
关于genome 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我是一个新的paramiko用户，在使用paramiko的远程服务器上运行命令有困难。我想导出一个路径并在后台运行一个名为tophat的程序。我可以用paramiko.sshclient()登录，但是 ...
已阅读: n次
我正在使用Pycharm进行Python开发。代码正在Pycharm venv中运行，我想从中调用一个bash脚本，激活和停用conda环境（这个：https://github.com/lykaust ...
已阅读: n次
我正在尝试实现以下代码：
with open('datapath') as f:
k_mers = f.read()
k_mers_parsed = []
for i in k_mers.s ...
已阅读: n次
我已将程序（如下）写给：
以pandas dataframe的形式读取一个巨大的文本文件
然后groupby使用特定的列值分割数据并存储为数据帧列表。
然后将数据管道到multiprocess Po ...
已阅读: n次
我正在尝试将以下数据从文本文件解析为熊猫：
genome Bacteroidetes_4
reference B650
source carotenoid
genome Desulfovibrio_ ...
已阅读: n次
我只需要从NCBI（GenBank（full）格式）下载完整的基因组序列。我感兴趣的是‘全基因组’而不是‘全基因组’。
我的剧本：
from Bio import Entrez
Entrez.emai ...
已阅读: n次
我想了解如何实现整洁的python，以便它在每次预测后重新训练，因此每次预测后训练集的大小都会增加。在
我试图通过配置文件设置整洁的python，以便在每次预测测试/未查看集之后重新进行训练。例如，如 ...
已阅读: n次
在我的代码中，我将多个文件组合成一个数据帧，并将NaN值转换为零。在代码中，我将两列（genome和contig）组合成一个新的列（source），但是我的数据帧将contig列从整数转换为float ...
已阅读: n次
基本上，问题是要找出所有可能的基序（k-mers长），在一组字符串DNA中不超过d个不匹配。我可以写下面的代码来找到一个字符串DNA的所有模体（k，d）。我不知道如何修改我的代码，当它出现多行字符串D ...
已阅读: n次
查询='GATTACA'；！基因组='TGATTACAGATTACC'！数值匹配=0；！！%在每一个可能的偏移量！对于偏移量=1：长度（基因组）-长度（查询）+1！！%所有的角色都匹配吗！如果（基因组 ...
已阅读: n次
我想把我的第N个碱基对还给我fna.gz公司基因组输入。理论上它是这样工作的：
allele = genome[14325]
print(allele)
#: G
这是我现在掌握的代码：
^{pr2 ...
已阅读: n次
从二维字典中，如何将其转换为数据帧或存在/不存在矩阵，其中值在列表中）是列，键是行名称？
在一个列表中累积值，我的目标是将它们组织成一个矩阵。在
我一直在尝试，但没有成功：
values = set( ...
已阅读: n次
最新项目
#基因组标记[！[Circleci]（https://circleci.com/gh/kundajelab/genomelake.svg？style=svg）（https://circleci.com ...
已阅读: n次
arv-一个用于python的快速23andme解析器
arv（挪威语；"heritage"或" ...
已阅读: n次
使用Docker进行尝试
使用Docker撰写
docker环境在docker compose.yml中定义。为您的
命令。
启动边缘服务器 ...
已阅读: n次
动态基因组扭曲
此包Python名称：dgw
目前版本： dgw 0.1.1
最后维护时间：Dec 14, 2016
...
已阅读: n次
捕获序列汇编程序
capture是一种从超高覆盖率样本中恢复完整基因组的汇编程序。
存储库是一个正在进行的工作，汇编程序还不能正常工作。
谢谢你的关心，很快回来！
安装
capture需要安装以 ...
已阅读: n次
可视化基因组api的纯python包装器
此包Python名称：visual-genome
目前版本： visual-genome 1.1.1
...
已阅读: n次
安装
您可以通过运行以下命令安装Shogen2：
$ pip install shogen2
用法
典型用法是：
$ shogen2.py [options] genomefile metab ...
已阅读: n次
***************区域分析********这是一个实用的注释基因组间隔，如芯片序列的峰值列表或基因组研究的其他间隔列表。现在它支持人类（hg19）、老鼠（mm9、mm10）和老鼠（rn4） ...
已阅读: n次
NCBI基因组下载脚本
一些从NCBI下载细菌和真菌基因组的脚本
不久前重组了他们的ftp。
想法不知羞耻地从Mick Watson的Kraken Downloader中窃取
脚本
这也可以在m ...
已阅读: n次
能源部管道
这是另一个管道包。区别doepipeline的是
它使用来自统计的方法来实现管道优化
Design of Experiments (DOE)。
功能
社区开发：欢迎用户贡献额外的功能。. ...
已阅读: n次
欧文
这是一个允许在基因组片段中检测ERV的工具
这主要是为了在OSX上使用而设计的，与其他基于UNIX的体系结构的交叉兼容性可能存在，但它几乎肯定不会在微软Windows系统上运行。
安装
pip ...
已阅读: n次
#拜耳海峡的一个临时版本，拜耳海峡通过16s推断性状，输入：otu表（-t）和otu序列（-s）*要求：mafft*可选：fastree！[alt text]（https://raw.gitubuus ...
已阅读: n次
Genomedashboard
基因组仪表盘是基于网络的基因组仪表盘原型背后的逻辑，专门设计用于集成信息学和染色质4D材料研究。Genome Dashboard将我们的交互式染色质建模（ICM ...
已阅读: n次
#基因组更新
genome_update是一个从ncbi下载基因组并将其信息保存在yaml文件中的包。
它还可以使用本地的yaml文件来更新和下载新的基因组。
还计算每个基因组的序列统计数据，并将其添 ...
已阅读: n次
该软件包允许在ucsc轻松下载和使用基因组数据。
这实际上是围绕twobitreader库的一个瘦的“缓存”包装器。
安装
安装包的最简单方法是通过easy_install或pip：
$ easy_ ...
已阅读: n次
docs
tests
package
给定定义感兴趣区域的变量信息的csv文件，返回包含这些区域的fasta格式表示的文件。
免费软件：BSD许可证
用法 ...
已阅读: n次
…原始：：html<；p align="center">；<；img alt="旅行车徽标"title="旅行车徽标" src="https://raw.githubusercont ...
已阅读: n次
概述
有很多很棒的算法和机器学习工具
检测数据中的模式。然而，这些都缺乏的是一个有用的
用于管理经常复杂的数据设置的框架和ui
流量和预测。
这个包提供了几个工具来利用django的管理
界面和OR ...
已阅读: n次
安装
您可以通过运行以下命令安装Shogen：
$ pip install --user shogen
在linux上，可执行脚本可以在~/.local/bin
在macos上，脚本在/Users ...
已阅读: n次
半径
radinitio是通过前瞻性和回顾性数据模拟评估radseq实验的管道。在用户定义的人口统计学模型下，使用msprime，通过联合模拟，为多个个体生成新的排序数据。每个样本中的遗传变异在基因组 ...
已阅读: n次
