radinitio 1.1.0

-g，--genome：参考基因组的路径（fasta文件，可以是gzip）。必需的

-l，--染色体：包含要模拟的染色体列表（每行一个）的文件。必需的

-o，--out dir：将写入所有文件的输出目录的路径。必需的

人口统计学模型（简单岛模型）

-p，--n-pops：（int）孤岛模型中的种群数量（deme）。（默认值=2）

-n，--pop eff size：（float）每个模拟dem的有效总体大小。（默认值=5000）

-s，--n-seq-indv：（int）从每个群体中抽样的个体数。（默认值=10）

文库准备/排序

-b，--库类型：库类型（sdrad或ddrad）。（默认值为"sdrad"）

-e，--enz：限制性内切酶（sbfi、psti、ecori、bamhi等）。（默认设置为"SBFI"）

-d，--enz2：双酶切的第二限制性内切酶（mspi、msei、alui等）。（默认值为'mspi'）

-m，--insert mean：（int）插入bp中的大小平均值。（默认值=350）

-t，--插入stdev：（int）插入bp中的尺寸标准偏差。（默认值=37）

-c，--PCR循环数：（int）PCR循环数。（默认值=0）

-v，--覆盖率：（int）排序覆盖率。（默认值=20）

r，--读取长度：（int）序列读取长度。（默认值=150）

make-library-seq（）-特定选项：

--make pop sim dir：包含以前的"radinitio.make\pop"的目录运行。不能与"输出目录"相同

附加选项

-v，--版本：打印程序版本。

-h，--help：显示此帮助消息。

示例

# Simulating a sdRAD library (whole pipeline):
radinitio --simulate-all \
    --genome ./genome/reference.fa.gz \
    --chromosomes ./genome/chrom.list \
    --out-dir ./simulations_sdRAD/ \
    --n-pops 4 --pop-eff-size 2500 --n-seq-indv 10\
    --lib-type sdRAD --enz SbfI --insert-mean 350 --insert-stdev 35\
    --pcr-cycles 9 --coverage 20 --read-length 150# Simulating a ddRAD library (whole pipeline):
radinitio --simulate-all \
    --genome ./genome/reference.fa.gz \
    --chromosomes ./genome/chrom.list \
    --out-dir ./simulations_ddRAD/ \
    --n-pops 4 --pop-eff-size 2500 --n-seq-indv 10\
    --lib-type ddRAD --enz PstI --enz2 MspI \
    --insert-mean 350 --insert-stdev 35\
    --pcr-cycles 9 --coverage 20 --read-length 150# Make a tally of sdRAD loci
radinitio --tally-rad-loci \
    --genome ./genome/reference.fa.gz \
    --chromosomes ./genome/chrom.list \
    --out-dir ./count_rad_loci/ \
    --lib-type sdRAD --enz SbfI

# Make a tally of ddRAD loci
radinitio --tally-rad-loci \
    --genome ./genome/reference.fa.gz \
    --chromosomes ./genome/chrom.list \
    --out-dir ./count_ddrad_loci/ \
    --lib-type ddRAD --enz NlaIII --enz2 MluCI \
    --insert-mean 320 --insert-stdev 25# Simulate a population only
radinitio --make-population \
    --genome ./genome/reference.fa.gz \
    --chromosomes ./genome/chrom.list \
    --out-dir ./simulated_population/ \
    --n-pops 4 --pop-eff-size 2500 --n-seq-indv 10# Simulate library and sequencing# Use population from previous simulation
radinitio --make-library-seq \
    --genome ./genome/reference.fa.gz \
    --chromosomes ./genome/chrom.list \
    --out-dir ./SbfI_library/ \
    --make-pop-sim-dir ./simulated_population/ \
    --lib-type sdRAD --enz SbfI \
    --insert-mean 350 --insert-stdev 35\
    --pcr-cycles 9 --coverage 20 --read-length 150

选项说明

半径的不同管道阶段可以独立运行：

• --simulate all运行所有radinitio阶段。从参考基因组开始，指定染色体，模拟种群，准备一个库和序列。这是包装中的默认值。

• --使种群只生成一个全基因组的vcf，其中包含模拟种群的变体。以后可以使用不同的库参数对单个模拟种群进行排序。

• --make library seq模拟库的准备和排序，从而对模拟的indivolutions进行成对的末端读取。它需要一组个体，可能是前一个make populationrun的输出。

• --tally rad位点对于给定的文库配置-文库类型和酶-计算基因组中rad位点的数量。

reference.fa.gz是一个基因组fasta文件。radinitio可以模拟使用压缩和未压缩的fasta文件。

--out dir是模拟的输出目录。在IT内部，将生成一系列子目录和文件（如下所述）。

chrom.list包含要模拟的所有染色体ID的列表。只有列表中的染色体将被用作模拟的输入。当使用高度碎片化的组件或使用许多小型未放置的脚手架时，这一点非常重要。chrom.list的结构如下：

chromosome_1
chromosome_2
chromosome_3
...