寻找调节代谢途径的最短基因组片段
shogen2的Python项目详细描述
安装
您可以通过运行以下命令安装Shogen2:
$ pip install shogen2
用法
典型用法是:
$ shogen2.py [options] genomefile metabolismfile.sbml catalysationfile queries Options: -h, --help show this help message and exit -k K, --k=K Number of ranked shortest genome segments (Default to 5) -l L, --l=L maximum length of a genome segment (Default to 200)
样品
- 在大肠杆菌中寻找功能基因单位的样本文件如下:
- genome.txtmetabolism.sbmlcatalyze.txtqueries.txt