一种快速的23andme原始基因组文件分析器

arv的Python项目详细描述


arv-一个用于python的快速23andme解析器

travis build status支持的python版本项目许可证pypi

arv(挪威语;"heritage"或"heritance")是一个用于解析raw的python模块。 23和我的基因组文件。它允许您从rsid中查找snp。

fromarvimportload,unphased_matchasmatchgenome=load("genome.txt")print("You are a {gender} with {color} eyes and {complexion} skin.".format(gender="man"ifgenome.y_chromosomeelse"woman",complexion="light"ifgenome["rs1426654"]=="AA"else"dark",color=match(genome["rs12913832"],{"AA":"brown","AG":"brown or green","GG":"blue"})))

对于我的基因组,这个小程序产生:

You are a man with blue eyes and light skin.

解析器是非常快的,已经用精细的C++编写,暴露了 通过Cython。我测试过的2013款Xeon机器将一个24 MB的文件解析为一个哈希值 表在大约78毫秒内。较新的23andme文件较小,仅在一个 62毫秒!

与Python2.7+和3+一起使用。可与PIP一起安装!

$ pip install --upgrade arv

有关软件要求,请参见下文。

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

推荐PyPI第三方库


热门话题
java实现的一个简单算法(计算概率)   更改应用程序背景动画的java首选项   java捕获图像并通过socket发送   基于双精度数组的对象的java排序Arraylist?   java似乎无法获得前面数字的正确总和   java卡住了Tomcat线程。日食乐观锁定   java是一个异步的Throwable类的printStackTrace()   java随机错误(可能是)Android支持库   java我应该在代码中自动创建DB表,还是在安装过程中使用preinit?   在被调用的方法/函数Java/Android中处理异常?   arraylist Java发送电子邮件非法分号?   while循环中的Java数组   java Arquillian和TransactionAttribute类型。需要新的   java“未找到合适的驱动程序”获取此错误   java高性能地将子类转换为真正的超类   java如何从另一个活动访问变量   安卓 Java Kotlin泛型将类getter作为参数传递到函数中   尝试访问数组的某个位置时需要java“]”