在基因组构建之间映射vcf的包
vcfremapper的Python项目详细描述
VCFRemapper
在不同基因组之间转换vcf文件中变体坐标的实用程序 建立。
安装
通过PIP安装：
pip install vcfremapper
使用量
vcfremapper PATH_TO_VCF CONVERTED --reference genome.fa # or pass output to bgzip vcfremapper PATH_TO_VCF --reference genome.fa | bgzip > CONVERTED # or pipe in gzipped data cat PATH_TO_VCF | vcfremapper --reference genome.fa | bgzip > CONVERTED
选项：
--reference-参考基因组的路径，用于正在转换的构建。--build-in-要转换的内部版本，默认为hg19--build-out-要转换为的生成，默认为hg38--tempdir-排序前要保存未压缩临时文件的文件夹
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