python脚本中多个作业的并行运行我不是一个程序员,因此简单的答案将不胜感激。我是医学博士,参与了一个生物信息学项目。 假设我有一个Python脚本abc.py,还有一个文本文件commandline.txt,其中有113个命令行,每 ...2024-04-28 已阅读: n次
SyntaxError:使用.format和for循环进行分析时出现意外的EOF我试图做这个循环,但我得到这个错误,有什么建议吗?你知道吗 for file in glob.glob("results/dir_bam/*_dedup.bam"): f_name = file_ ...2024-04-28 已阅读: n次
fasta文件头行到列中作为一个包含相应序列的文件头和fasti: >ID101_hg19 ATGGGTGTATCGTACCC >ID102_hg19 AGCTTTAGCGGGGTACA 我想将标题行更改为序列 ...2024-04-28 已阅读: n次
组合CSV文件集我有一个2000个文件的列表,我想把它们合并起来: 01-0628-11A-01D-0356-01_hg19 01-0628-11A-01D-0356-01_hg20 01-0628-11A-01D- ...2024-04-28 已阅读: n次
在2个文件tex中查找公共项向您介绍我的问题背景:我有两个包含基因信息的文件: pos.bed包含特定基因的位置,hg19-genes.txt包含该物种的所有现有基因,并带有一些指示字符,如基因的位置(开始和结束)、名称、符号等 ...2024-04-28 已阅读: n次
使用python,我想提取并打印每个b的第一行中包含10917、11396和1116920的块每个块以hg19开始,以空格结束。我可以使用正则表达式来提取所需的块吗 hg19.chr1 10917 479 panTro2.chr15 13606 455 hg19.chr1 11396 93 ...2024-04-28 已阅读: n次
将文本文件转换为VCF表单时出错我有一个python代码,我试图将一个包含行中变量信息的文本文件转换为一个variant调用格式文件(vcf),以便进行下游分析。在 我得到的一切都是正确的,但当我试图运行代码时,我错过了前两个条目, ...2024-04-28 已阅读: n次
如何使用Python有选择地连接列表中以换行符结尾的行?我有一个文本文件,存储基因登录名和序列,如下所示: original look of sequence 当我使用Python打印它时,它显示每一行都以一个新行字符结束: ['>hg19_know ...2024-04-28 已阅读: n次
根据条件值包含或排除字符串的一部分的Pythonic方法我有基因组数据,根据ref的值(它可以等于'b37'或'hg19'),我使用的命令要么在开头有一个chr,要么在开头没有任何内容(例如chr2对2)。你知道吗 现在,我是这样做的:min('chr', ...2024-04-28 已阅读: n次
在Python上使用rsync recursive只显示文件名?我使用rsync递归到该目录中的所有文件(包括子目录中的所有文件): rathi/20090209.02s1.1_sequence.txt rathi/20090209.02s1.2_sequence ...2024-04-28 已阅读: n次
在gatk VariantRecalib上的蛇我在使用snakemake方面是新手,我在snakemake上执行step gatk VariantRecalibrator时遇到了一个问题,它产生了错误,但是脚本在不使用snakemake格式时可以 ...2024-04-28 已阅读: n次
在特定列中拆分信息?以下是我的文件的示例: Type Variant_class ACC_NUM dbsnp genomic_coordinates_hg18 genomic_coordinates_ ...2024-04-28 已阅读: n次
pyhg19PYHG19 从变量的rsid中获取变量的坐标,或从变量的rsid中获取变量的坐标。 坐标 安装 首先,请确保遵循了 pydbsnp。然后安装pyhg19 使用pip3: pip3 install p ...2024-04-28 已阅读: n次
APECAPEC用户指南(v1.1.0) (基于可达性模式的表观基因组聚类) apec可以对来自scatac-seq、snatac-seq、sciatac-seq或任何其他相关实验的单细胞染色质可及性数据进行 ...2024-04-28 已阅读: n次
MethylPurif此脚本用于预测亚克隆纯度 获取相关数据 获取你绘制的fastqs的基因组fasta, 我们现在支持hg18和hg19基因组fasta,以hg19为例 ## use built-in script c ...2024-04-28 已阅读: n次
targqc[![水蟒服务器徽章](https://anaconda.org/vladsaveliev/targqc/badges/installer/conda.svg)](https://conda.anac ...2024-04-28 已阅读: n次
bgvep读取在bgvep项目中生成的数据。 在那个项目中有两个数据集,都由 参考基因组(如hg19)和vep版本(如88): 包含基因组中所有位置的vep运行的tabix文件 只有最严重后果类型的bgpac ...2024-04-28 已阅读: n次
ucsc-genomes-downloader 从ucsc快速下载基因组的python包。 如何安装此软件包? 像往常一样,只需使用pip: pip install ucsc_genomes_downloader 测试覆盖率 由于某些软件 ...2024-04-28 已阅读: n次
annot-utils不能使用 简介 annot_utils是一个生成tabix索引注释文件的软件,可以由y.s共享。 目前,该软件只支持hg19(grch37)、hg38(grch38)和mm10(grcm38)的 ...2024-04-28 已阅读: n次