从多序列比对中删除离群序列
pysickle的Python项目详细描述
pysickel.py将尝试从多序列比对（msa）中删除导致不对中的序列。它以多个fasta格式读取给定的msa，并删除具有最高惩罚分数的序列，然后构建没有这些序列的下一个msa。重复此过程，直到达到用户指定的截止值，或者只剩下不到三个序列要对齐。
用法：
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# pysickle.py
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usage:
pysickle.py -f multifasta alignment
options:
-f, --fasta=FILE multifasta alignment (eg "align.fas")
OR
-F, --fasta_dir=DIR directory with multifasta files (needs -s SUFFIX)
-s, --suffix=SUFFIX will try to work with files that end with SUFFIX
(eg ".fas")
-a, --msa_tool=STR supported: "mafft" [default:"mafft"]
-i, --max_iterations=NUM force stop after NUM iterations
-n, --num_threads=NUM max number of threads to be executed in
parallel [default: 1]
-h, --help prints this
当前支持的多序列对齐器：
- mafft（katoh，standley 2013（分子生物学与进化30:772-780））mafft多序列比对软件版本7：性能和可用性的改进。http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/）
要求
- matplotlib
- 努比
外部程序
- 马夫特
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