是否可以通过pythonsys模块运行MAFFT是否可以通过Python sys.argv模块运行MAFFT命令,如“MAFFT_exe”、“in_file” ...2024-05-14 已阅读: n次
在windows for python中安装和使用MAFFTBio.Align.Application应用程序马夫特林我正在尝试在windows中安装和使用mafft多序列比对算法。我读了mafft文档,它说我要么可以提取mafft win zip文件,要么将其安装在Linux子系统上。我完成了前面的过程,并将路径添 ...2024-05-14 已阅读: n次
使用Python只创建一个Mafft文件所以我在做一个项目来对齐序列ID和它的代码。我得到了一个条形码文件,其中包含一个DNA序列的标签,即TTAGG。有几个标记(ATTAC、ACCAT等),然后从a序列文件中删除并用seq ID放置。 示 ...2024-05-14 已阅读: n次
问题操作系统()未生成输出当我运行这个程序时,我得到了q的所有输出,但是q应该创建的.mafft是空的。编辑:我忘了问真正的问题。我做错什么了?是不是有些语法我不知道? #!/usr/bin/python import sys ...2024-05-14 已阅读: n次
如何使用sys.args[]或getopts通过Python运行对齐命令如何使用sys.args[]或getopts通过python运行“MAFFT”对齐 我希望通过python自动化对齐,这样就不必对不同的文件多次使用独立的命令行MAFFT。这可能会非常耗时 理想情况下 ...2024-05-14 已阅读: n次
子流程调用运行m我编写了一个脚本从终端运行mafft模块: import subprocess def linsi_MSA(sequnces_file_path): cmd = ' mafft --ma ...2024-05-14 已阅读: n次
pysicklepysickel.py将尝试从多序列比对(msa)中删除导致不对中的序列。它以多个fasta格式读取给定的msa,并删除具有最高惩罚分数的序列,然后构建没有这些序列的下一个msa。重复此过程,直到达到 ...2024-05-14 已阅读: n次
consposp#conspospy [conspos][1]包的python版本。conspos包用于, >;通过比较全局的对齐模式计算一致性对齐, >;路线生成的本地和子全局多序列路线 >;程序 ...2024-05-14 已阅读: n次
seqSieveSeqsieve==安装:如果需要,还应自动安装numpy和matplotlib。如果无法通过pip安装依赖项,尝试使用发行版的包管理器安装多序列比对(MSA)中的不对中。它以多fasta格式读取给定 ...2024-05-14 已阅读: n次