Python msa_专题 - Python中文网

当前热门话题： Python msa: 本站为您提供最新、最全的msa的Python教程、文档、代码、资源等相关内容，Python中文网技术交流社区同时还提供学习资源下载，如：电子书、IDE编辑器软件、编程视频、代码规范标准、WEB开发、GUI、科学计算与人工智能等相关内容。

本文网址：https://www.cnpython.com/tags/252752
欢迎加入QQ群-->： 979659372

关于msa 相关联的Python项目和问题：

使用Python re删除链接

假设我有一个类似<a href="/wiki/Greater_Boston" title="Greater Boston">Boston–Cambridge–Quincy, MA–NH M ...

2024-05-14 已阅读: n次

如何用Python从网站中提取表

在这里 http://www.ffiec.gov/census/report.aspx?year=2011&state=01&report=demographic&msa=11 ...

2024-05-14 已阅读: n次

Flask Web服务器|停止python脚本会导致崩溃

我正在运行一个带有覆盆子Pi3B+的flask Web服务器。html网站有一些文本和两个按钮。一个按钮运行外部python脚本（不是flask python脚本），一个按钮停止python脚本到目 ...

2024-05-14 已阅读: n次

将世界城市映射到大都会统计区域的数据库（以及非美国MSA等价物）

我的问题是，我有一个包含数千个城市的文件，我想将城市名称映射到（Metropolitan Statistical Areas）和非美国城市的MSA等价物。在这里有很多关于类似问题的帖子。如果这有帮助的 ...

2024-05-14 已阅读: n次

在开始下一个并行作业之前等待完成所有并行作业

我已经编写了Snakemake规则，它运行Muscle（MSA工具）来计算目录中所有文件的多序列比对（MSA）。由于不同的文件彼此不依赖，因此该任务基本上是并行的。问题是，Snakemake在n个“批 ...

2024-05-14 已阅读: n次

肌肉多序列比对与Biopython？

我刚刚学会了使用python（和Biopython），所以这个问题可能说明我缺乏经验。在为了对文件中的序列执行MSA(法斯塔文件)，我使用以下代码： from Bio.Align.Applicati ...

2024-05-14 已阅读: n次

如果第一个IP失败，SMTPLIB是否支持重试邮件服务器中的其他IP？

我正在使用python的smtplib，我有一个问题。你知道吗例如：mail_server = smtp.gmail.com 它有： Non-authoritative answer: ...

2024-05-14 已阅读: n次

使用pandas read_excel从stdin读取

注：我已按以下方式解决了这个问题：我可以用toucv用python/pandas编写stdout。像这样的方法很有效： final_df.to_csv(sys.stdout, index=False ...

2024-05-14 已阅读: n次

正在为merg格式化Pandas groupby（）

我希望有人能帮我做一些我一直想做的相对简单的事情。最近，我使用groupby对我的df中的不同组进行求和，如下所示： MSA.name ifr.indust ...

2024-05-14 已阅读: n次

删除由、N或？对齐

我想知道是否有一种方法可以使用perl或python从MSA中删除只有间隙和/或N和/或的列(除了核苷酸以外的所有东西）。它将在多个MSA上运行 seq1 ATCGNN-??ATCG s ...

2024-05-14 已阅读: n次

将SAS Proc表示“类型”和“频率”转换为Python

我有下面的SAS“Proc Means”步骤来计算平均值（折扣），然后在下一个数据步骤中，有一个where条件过滤器。我需要将下面的SAS代码转换为Python代码 proc means data=m ...

2024-05-14 已阅读: n次

与现有模块同名的python模块名

我有许多小的utils模块，我在一个msa名称空间下组织，这样我就可以在许多不同的研究项目中使用。目前我把它们组织成这样： # folder structure: packages <-- i ...

2024-05-14 已阅读: n次

ipymsa

用于MSA（多序列对齐）查看器的Jupyter小部件 ...

2024-05-14 已阅读: n次

clc-msa-utils

开始要安装clc msa实用程序包，请使用下面的命令。 pip3 install clc_msa_utils ...

2024-05-14 已阅读: n次

Mapp

此包用于简化 MAPP program。先决条件您必须安装： python 2.7版 MAPP program。可选择下载fasta database （或者可以远程使用hmmer或blas ...

2024-05-14 已阅读: n次

msaconverter

msaconverter 1简介 msaconverter是一个将多序列对齐转换为不同格式的工具，使用Biopython（http://www.biopython.org/） 2安装 pip inst ...

2024-05-14 已阅读: n次

micca

micca（微生物群落分析）是扩增子测序数据的处理，从原始序列到 otu表，分类和系统发生树推断。该管道可应用于高度保守的基因/间隔子，如16srrna基因，internal转录间隔棒（it ...

2024-05-14 已阅读: n次

extract-specific-sites-from-msa

从MSA中提取特定的站点 1简介 extract_specific_sites_from_msa是从多序列比对中提取某些位点（或密码子）的工具。 2安装 pip install extract_spe ...

2024-05-14 已阅读: n次

msa-cigars

MSA_雪茄 1简介 msa_cigars是获取多序列比对雪茄的工具。假设输入文件中有一个对齐！雪茄是按照参照顺序。孟冠良，见https://github.com/linzhi2013/msa_cig ...

2024-05-14 已阅读: n次

alv

#alv：命令行对齐查看器在命令行中查看dna或蛋白质的多序列比对。不需要启动桂！注意：alv需要python v3.4或更高版本。早期的版本也可以工作，但这还没有经过测试。 ###功能基 ...

2024-05-14 已阅读: n次

vizqes

多序列比对（MSA）的绘图概述用法： ###################################### # vizqes ################################ ...

2024-05-14 已阅读: n次

seqPlot

==>使用彩色框绘制多序列比对（MSA）的多序列比对（MSA）的绘图概览图。ා355; ţ355; ţţţţ355; 355; 355; 355; 355; 355;ţ355;ţţţţţţţţţ355 ...

2024-05-14 已阅读: n次

pysickle

pysickel.py将尝试从多序列比对（msa）中删除导致不对中的序列。它以多个fasta格式读取给定的msa，并删除具有最高惩罚分数的序列，然后构建没有这些序列的下一个msa。重复此过程，直到达到 ...

2024-05-14 已阅读: n次

pyuscf

pyuscf:uscf python的成员服务区（msa）美国国际象棋联合会（USCF）网站公开国际象棋会员信息。这个包裹只不过是个客户在搜索棋子成员信息时有一些限制。有关限制的详细信息，请访 ...

2024-05-14 已阅读: n次

seqSieve

Seqsieve==安装：如果需要，还应自动安装numpy和matplotlib。如果无法通过pip安装依赖项，尝试使用发行版的包管理器安装多序列比对（MSA）中的不对中。它以多fasta格式读取给定 ...

2024-05-14 已阅读: n次

msa

Maven Settings Administrator 此包Python名称：msa 目前版本： msa 1.1.2 最后维护时间 ...

2024-05-14 已阅读: n次