mofs分子动力学模拟lammps输入文件的自动生成
lammps-interface的Python项目详细描述
LAMMPS接口
作者
- 彼得·博伊德
- 穆罕默德·穆萨维
- 马修·维特曼
说明
这个程序是为方便晶体学之间的接口而设计的。 信息文件（.cif）与大规模原子分子 并行模拟器（Lammps）。
安装
只需从PyPI：
安装pip install lammps-interface
出于开发目的，克隆存储库并从源代码安装它：
pip install -e .
注意：在这两种情况下，这都会将lammps-interface添加到您的PATH中。
用法
命令行界面
要查看可选参数，请键入：
lammps-interface --help
为给定的cif文件类型创建Lammps模拟文件：
lammps-interface cif_file.cif
这将创建带有uff参数的Lammps模拟文件。
Jupyter笔记本
为了实现项目的模块，请查看此存储库中提供的jupyter笔记本，以获取使用示例。
许可证
麻省理工学院执照（见执照文件）
引文
与此代码关联的出版物可在此处找到：
Boyd，P.G.，Moosavi，S.M.，Witman，M.和Smit，B.《金属有机框架材料性能的力场预测》。J. Phys。化学。利特。8357-363（2017年）。
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpclett.6b02532
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