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Python lammps
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关于lammps 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我正在尝试使用一些开源学术代码（项目主页是here）。它是一个很大的C++代码库，它有一个非常瘦的Python包装器，它使用^ {CD1}}加载C++，调用一些C函数，这些函数允许原始的Python脚 ...
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class Atom:
def __init__(self,x,y,z,element,charge,notused,fx,fy,fz):
self.x=float(x)
...
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我试图通过调整两个参数使一个函数适合另一个函数。但是我不知道这个函数的形式。我只有代价函数，因为在计算这个函数时使用了LAMMPS（分子动力学）。我需要一些工具，我只能给成本函数和我的猜测，然后它会最 ...
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当前程序：
#!/usr/bin/python
lookup = 'Loop time'
with open('log.lammps') as myFile:
found = []
...
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我正在为LAMMPS构建/使用python模块，这是一个开源的分子动力学模拟器（project home，source）。你知道吗
Python模块通过编译C++应用程序作为库，使用CDLL/Cyp ...
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我正在编写一个Python脚本，检查文件夹是否存在，如果存在，则删除它，然后重写它。在
我可以创建一个目录，然后立即删除它。在
但是当我试图删除一个目录，然后创建一个目录时，我得到了以下错误：
"[E ...
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我在尝试将此软件用作python库时遇到问题。LAMMPS的站点（https://lammps.sandia.gov/doc/Python_head.html）中出现的说明似乎是针对Linux操作系统 ...
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在{}中{}的意思是什么
见下文：
conda install deepmd-kit=*=*gpu lammps-dp=*=*gpu
...
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我是python的初学者，在使用命令行开关执行外部命令时遇到问题（在Windows 8 64位中使用python 2.7）：
lammpsExe = 'C:/Program Files (x86)/L ...
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我是python的新手，这可能是一个愚蠢的问题，但它困扰了我好几天。
我有大约30个日志文件，每个文件都包含字符串和数据。除了几个数据的不同，它们几乎是相同的，它们的名称是规则排列的，如'log10. ...
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我想转换pmma85复合数据.initeq对于lammps来说，一个可接受的数据文件，但我面临这个错误：
import lmpsdata, copy
data=lmpsdata.Lmpsdata('p ...
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我已经从官方网站下载了LAMMPS tar ball的8-Jan13版本，并且从a网站/教程（http://katter-world.blogspot.hk/2010/05/install-lammp ...
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最新项目
#lammps工具
这个python工具提供了一种简单的方法来处理与lammp相关的数据。您可以使用此系列工具创建聚合物模型、提取数据并获得数据草图（待办事项） ...
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许可证
版权所有（2005）Sandia公司。根据合同条款
de-ac04-94al85000与Sandia公司合作，美国政府保留
此软件中的某些权限。此软件在
GNU通用公共许可证。
关于
这 ...
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化学结构：化学结构分析包
关于
chemstruct是一个python包，用于原子文件（如.xyz文件）的结构分析和lammps上的分子动力学模拟。ChemStruct根据原子之间的距离，以及角度和二 ...
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lammps包装纸
Latest Release
License
Build Status
这是我为lammp和
分析它们，因为我 ...
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支持原子模拟的python模块和脚本；atsim.potentials提供了处理成对和嵌入式原子方法势模型的工具。
特别包括用于LAMMPS和DL_POLY的pair和eam模型列表的函数。
文档
...
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LAMMPS步骤
seamm流程图的lammps步骤
免费软件：BSD许可证
文档：https://lammps-step.readthedocs.io。
贡献
这个项目使用了文森特 ...
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原子操作工具包
atomman:atomistic manipulation toolkit是一个python库，用于
创建、表示、操作和分析大规模原子
原子系统。包装的重点是方便快速设计
以及充分记 ...
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orphan:
pylam是一个python库，用于处理in和out文件
分别由LAMMPS产生的大规模原子/分子大规模并行模拟器。
注意
作者既不隶属于史蒂夫·普林普顿，也不隶属于能 ...
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dpdata是一个用于操作deepmd kit、vasp、lammps数据格式的python包。
dpdata仅适用于python 3.x。
安装
您可以通过
git clone https://g ...
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mddatasetbuilder
mddatasetbuilder是一个脚本，用于从给定的lammps轨迹自动构建神经网络的分子动力学（md）数据集。
作者：曾金哲
电子邮件：jzzen ...
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aiida lammps插件
这是用于AiiDA的lammps插件。
此插件包含4种代码类型：
lammps.forces：原子单点力计算
lammps.optimize：晶体结构优化
lammp ...
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冰数值
这是一个用于模拟和数据处理的数字库。它是非常实验性的，没有经过广泛的测试，不幸的是没有丰富的文档记录。我会努力改进的。
开始
你可以看到一个步行屋。
先决条件
您需要numpy 1.11.3、 ...
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Magcollois
这是一套程序，用于启动和读取通过偶极和lennard-jones势相互作用的胶体粒子lammps中的模拟。它包括设置限制胶体和双谐波陷阱的墙的功能。这基本上是给lammp的包装， ...
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moltemplate是一个通用的跨平台文本分子构建器，用于lamps和浓缩咖啡。moltemplate用于构建定制的粗粒度分子模型，但它也可以用于制备真实的全原子模拟。它支持所有原子和粗粒度建模的各 ...
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lammps cython
一种高性能的环行草皮。lammps是一个伟大的
分子动力学软件包，具有一组无与伦比的电位和
修复。此包提供了一些独特的功能，如通过
允许直接访问恒温器和原子属性
pytho ...
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LAMMPS接口
作者
彼得·博伊德
穆罕默德·穆萨维
马修·维特曼
说明
这个程序是为方便晶体学之间的接口而设计的。
信息文件（.cif）与大规模原子分子
并行模拟器（Lammps）。
安装
...
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MDAnalysis是一个面向对象的python工具包，用于分析分子
由CHARMM，Gromacs，Amber，NAMD，
或者LAMMPS；它还读取其他格式（例如PDB文件和XYZ
format ...
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薄薄的羊皮
此包Python名称：lmp_wrapper
目前版本： lmp_wrapper 0.1
最后维护时间：Nov 24, ...
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用于lammps计算的python工具
此包Python名称：LAMMPyS
目前版本： LAMMPyS 2.4.2
最后维护时间： ...
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原子论是一个原子间电位库，它与ase和lammps兼容。
此包Python名称：atomistica
目前版本： atomistica 0.8.0
...
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