Python 动力学_专题 - Python中文网

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关于动力学相关联的Python项目和问题：

关于崇高文本3中没有名为MDAnlaysis的模块

我安装了MDAnalysis包，这是一个面向对象的Python库，用于分析分子动力学（MD）模拟的轨迹。但是，如果我以sublime文本打开.py文件，其中的代码是用python编写的，其头/起始行 ...

2024-04-25 已阅读: n次

FyPi中的耦合非线性方程组

我试图建立一个系统来解决FyPi中的这5个耦合偏微分方程，来研究半导体中电子和空穴的动力学 The system of coupled PDEs 我正在努力定义蓝色高亮的术语，因为它们是一个变量与另一 ...

2024-04-25 已阅读: n次

在python中保存仿真数据

我在Python里用大量粒子做分子动力学模拟。在这里，我必须跟踪所有500或1000个粒子的x位置，y位置，z位置，x速度，y速度，z速度，x加速度，y加速度，z加速度，x力，y力，z力，势能，每个时 ...

2024-04-25 已阅读: n次

Python-Pyomo:ODE系统中的参数估计

我刚开始使用Pyomo，所以如果这是一个基本问题，我会提前道歉。嗯，我正在研究动力学模型，我的目标是估计动力学参数。我开始尝试一个复杂的玩具模型。在所以，我的玩具模型是一个由3个方程组成的简单的OD ...

2024-04-25 已阅读: n次

不知道原函数的已知代价函数的极小化

我试图通过调整两个参数使一个函数适合另一个函数。但是我不知道这个函数的形式。我只有代价函数，因为在计算这个函数时使用了LAMMPS（分子动力学）。我需要一些工具，我只能给成本函数和我的猜测，然后它会最 ...

2024-04-25 已阅读: n次

如何用for循环的结果生成数组，并在Python中比较数组的索引？

我有以下问题（我是python的初学者）从一个坐标列表中，我想要那些有最大距离的坐标。我想把它解决为下图：-你知道吗我有一个坐标列表C=[a，b，C，d] 2-我想计算每个坐标对之间的距离（d）； ...

2024-04-25 已阅读: n次

Python嵌套For循环意外工作

我正在编写一个分子动力学模拟程序，其中我需要根据每个原子的位置来计算它们之间的作用力。你知道吗位置以8乘9的数组形式给出。下面的嵌套for循环用于遍历此数组，因此只有其上三角形被认为是必要计算的一半 ...

2024-04-25 已阅读: n次

多处理|捕获正在退出的interp

我正在研究一个进化计算问题，我正在用优秀的ECSPY模块来实现这个问题。我使用的适应值来自一个相当复杂的动力学模拟。问题是我不喜欢让我的模拟防弹的方法；这是相当无用的，因为进化过程可能会出现一些情 ...

2024-04-25 已阅读: n次

Python中分子动力学的模拟

我正在寻找一个python包，可以用来模拟非平衡状态下的分子动力学。我需要一个能够以主要动力学理论的方式处理大量分子，并且能够处理固体表面的装置。关于表面，我需要能够创建任意形状，监测压力和其他由分子 ...

2024-04-25 已阅读: n次

有没有办法在cv2中提供两个色相范围，或者排除一个色相范围？

我正在写关于预测海岸水动力学的硕士论文，我遇到了一个小小的障碍我的数据包括海岸附近粉红色染料的“斑点”，为了用cv2正确检测斑点，我将转换为HSV，其中粉红色包括在光谱的上下范围。如果我把它完全打开 ...

2024-04-25 已阅读: n次

流氓丢失c++符号调试策略？

我正在为LAMMPS构建/使用python模块，这是一个开源的分子动力学模拟器（project home，source）。你知道吗 Python模块通过编译C++应用程序作为库，使用CDLL/Cyp ...

2024-04-25 已阅读: n次

在Python中列出任务

我有一个元组，比如说（2，5，8）。你知道吗 a = (2,5,8) 元组的每个元素都可以取一系列值。例如，第一个位置的范围为0到4，第二个位置的范围为0到6，第三个位置的范围为0到10。我要做的是 ...

2024-04-25 已阅读: n次

kineticlib

KineticLib（Br/B>）BR/< BR/>提供了计算动力学理论中使用的各种函数库。针对多温度（和一个温度作为特殊情况）和状态到状态近似。 BR/>文件可在这里获得：http://KyeTcL ...

2024-04-25 已阅读: n次

kconmd

kconmd（k袋卷积神经网络分子动力学）由k-Bags Convolutional Neural Network (kCON)支持的分子动力学（md）模拟。作者：曾金哲电子邮件：jz ...

2024-04-25 已阅读: n次

DynamicistToolKit

简介这是一个python模块的集合，其中包含有助于动力学家现在基本上是我放通用工具的地方不一定要自己分配。模块自行车基本自行车动力学分析的通用工具。惯性计算和操纵惯性量 ...

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fastspt

spot on（cli）----此存储库收集一系列脚本，以分析单粒子跟踪实验的数据。该代码最初由Anders Sejr Hansen编写，并由Maxime Woringer翻译为Python。一个[M ...

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barnaba

简介 barnaba是分析rna三维结构和模拟的工具。barnaba使用mdtraj来读/写拓扑和轨迹文件，因此它支持多种格式，包括pdb、xtc、trr、dcd、binpos、 ...

2024-04-25 已阅读: n次

biobb-chemistr

生物化学简介 Biobb_Chemistry是Biobb模块集合，用于在分子动力学模拟上执行化学。 biobb（bioXcel构建块）包是python构建块在流行的生物信息学工具。此 ...

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pyd

安装 Pydy对以下软件有严格的依赖性 < COL/> < COL/> <正文> < > <表> ...

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open-moldyn

打开moldyn python 3中的开放分子动力学工具阅读https://open-moldyn.readthedocs.io/en/latest/上的文档安装说明软件包位于pypi上，若要安 ...

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gar

加里是银河天文学特别是引力学的Python软件包动力。包的大部分集中在重力势，数值积分和非线性动力学。阅读文档：adrian.pw/gary。 ...

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mdtraj

mdtraj是一个python库，允许用户操纵分子动力学（MD）轨迹和执行各种分析，包括快速RMSD，溶剂可及的表面积、氢键等。MDTRAJ的亮点是各种各样的分子动力学轨迹文件格式支持，包括R ...

2024-04-25 已阅读: n次

molecules

……原始：：html<；嵌入>；<；p align=“center”>；<；img width=“300”src=“https://github.com/yngtodd/ ...

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pyhrf

内容 What is PyHRF? Installation Documentation Website Bug reports License information What ...

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scaks

上海催化动力学软件。python中催化反应的微观动力学分析包安装通过PIP: pip install scaks 来源 git clone https://github.com/PytLa ...

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dnaMD

do_x3dna生成大量数据，分析这些数据非常困难。因此，开发dnaMD来分析从do_x3dna获得的数据。它包含分析数据的工具集。 dnaMD是用python编写的，也可用作python模块。 ...

2024-04-25 已阅读: n次

cynetworkx

cynetworkx是networkx包的cython端口，用于创建、操作和复杂网络的结构、动力学和功能的研究。 ...

2024-04-25 已阅读: n次

pbalancing

参数平衡-一个系统生物学工具，用于确定细胞代谢动力学模型的热力学一致参数集 ...

2024-04-25 已阅读: n次

mdsynthesis

随着计算能力的增强，现在有可能产生数百个分子动力学模拟轨道长度变化很大，系统大小、组成、启动条件等参数。管理这种复杂性使得允许使用数据来回答科学问题。问题本身已经成为一个瓶颈。mdsynth ...

2024-04-25 已阅读: n次

rampedpyrox

关于RampedPyrox rampedpyrox是一个python包，用于分析实验动力学数据和附带的化学/同位素组成信息。rampedpyrox特别适用于分析斜坡温度仪器的结果，例如斜坡焦磷酸盐、 ...

2024-04-25 已阅读: n次

gmx-clusterByFeatures

GMX_ClusterByFeatures 它可用于分子动力学中分子构象的簇合使用特征集合的轨迹。功能可以是任何数量的时间函数，如PCA或二面体PCA的特征向量投影，距离、角度、通道半径等 ...

2024-04-25 已阅读: n次

RotamerConvolveMD

摘要该软件包分析分子动力学轨迹或根据自旋标记距离的构象集合，如双电子共振（DEER）实验与自旋标记顺磁弛豫中酰胺-蛋白质距离的探讨增强（预）实验。旋转标签安装在使用 ...

2024-04-25 已阅读: n次

Python 动力学

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