Python类中的名称错误我在写一节课: from bioservices import KEGGParser class Retrieve_Data(): def __init__(self): d ...2024-05-19 已阅读: n次
解析特定单词后的文本文件我想解析以下文件并获取“ID”和“Label”后面的值: {"data" : [{ "id" : "3743", "fgColor" : "#000000", "Comment ...2024-05-19 已阅读: n次
删除不包含特定文本Python的行我有一个表格文件,如下所示: query_name KEGG_KOs PROKKA_00013 NaN PROKKA_00015 bactNOG[38] PROKKA_00017 ...2024-05-19 已阅读: n次
当我遇到html中的注释时,如何停止使用BeautifulGroup提取href标记? 03420&nbsp;&nbsp;<a href="/kegg-bin/show_pathway?ban03420">Nucleotide excision rep ...2024-05-19 已阅读: n次
LXML:获取标题/顶层命令最好使用LXML库,有没有一种方法可以在解析完XML结构之后访问它的顶部的注释。我想避免解析纯文本“我自己”。你知道吗 这个例子让我对它的兴趣显而易见,我想:) <?xml version="1 ...2024-05-19 已阅读: n次
使用beauthoulsoup帮助分析<pre>标记我试图用beauthulsoup和python从一个网站上解析出信息。html如下所示。我希望我的解析数据看起来像: ID定义 赖氨酸生物合成-伯氏伯克霍尔德菌17 ... 其余的数据放在相似的地方( ...2024-05-19 已阅读: n次
如何在定义类时避免名称错误?我正在写一节课: from bioservices import KEGGParser class Retrieve_Data(): def __init__(self): ...2024-05-19 已阅读: n次
如何检索给定KEGG化合物的所有ChEBI id?假设我想使用bioservices将KEGG ID映射到ChEBI ID,我可以: from bioservices import * kegg_con = KEGG() kegg_entry = ...2024-05-19 已阅读: n次
如何在不指定使用生物服务的生物体的情况下访问KEGG条目?我试图通过bioservices访问KEGG,以获得有关基因列表的某些信息。问题是我事先不知道每个基因属于哪个有机体;在我的列表中可能有很多基因都属于不同的有机体。我的问题是,我不知道如何检索所需的有 ...2024-05-19 已阅读: n次
如果两个文件中的值与Python匹配,则合并行我有两个文件,文件1如下: #query_name KEGG_KOs PROKKA_00019 K00240 PROKKA_00020 K00246 PROKKA_00022 K02887 ...2024-05-19 已阅读: n次
从KeGG路径文档中提取复合名称对于一个项目,我想从KeGG网站的许多路径中提取所有复合名称。一个有机体中所有路径的列表看起来像this。对于每个路径,我提取名称并存储描述。然后我想得到所有在这个途径中起作用的化合物。关于KeGG路 ...2024-05-19 已阅读: n次
删除不包含特定文本的行我有一个表格文件,如下所示: query_name KEGG_KOs PROKKA_00013 NaN PROKKA_00015 bactNOG[38] PROKKA_00017 ...2024-05-19 已阅读: n次
pathmepathme是一个python包,旨在将kegg[2][3][4]、reactome[5][6]、wikipathways[7][8][9]转换为 生物表达语言。 它是Compath Web应用程序的 ...2024-05-19 已阅读: n次
FEV-KEGG自述文件==fev\@kegg----fev\@kegg允许轻松分析kegg(京都基因和基因组百科全书)中生物体的代谢网络。请阅读以下api文档:https://fev kegg.readthedoc ...2024-05-19 已阅读: n次
mod_sbml#mod_sbmlmod_sbml以[sbml格式](http://sbml.org)、实现用于处理代谢模型的实用程序,其中包括:-带有标识符的模型注释,来自:*kegg(http://www.gen ...2024-05-19 已阅读: n次
bio2bel-kegg这个包通过包装其restful api,允许用kegg信息丰富bel网络。 此外,它还集成在ComPath environment中,用于路径数据库比较。 安装 bio2bel_kegg可以通过Py ...2024-05-19 已阅读: n次
KRNet构建代谢网络的python3包(networkx有向图) 从一个反应集(在一个文件中有多个kegg反应)。 有关Kegg反应文件格式,请参阅: <;http://www.kegg.jp/kegg ...2024-05-19 已阅读: n次
MIDASV#迈达斯 midas是一种自动将kegg和wikipathways的路径交互集成到集成主节点中的算法。 通路。这个主路径以逻辑规则的形式表示,以便进一步模拟。 啊![替换文本](imgs/wp554_ ...2024-05-19 已阅读: n次
KEGGutils#Keggutils公司: 在python和networkx中使用kegg #<;img src=“/img/logo_cut.png”alt=“drawing”width=“630”>; ...2024-05-19 已阅读: n次
keggrestkegg rest==rest api的实现,以访问kegg数据库是所有其他调用的基础。将其余调用的片段作为参数。kegglink(db1,db2,**kwargs)->;(dict,dict) ...2024-05-19 已阅读: n次
GSVA#gsva/ssgsea命令行界面和python模块r bioconductor的gsva(gene set variance analysis)包提供了单样本基因集富集分析(ssgsea)的高效计算 ...2024-05-19 已阅读: n次
sharepathwasharepathway是一个python包,用于kegg路径丰富分析和多个基因列表。 已经有几十种工具或网络服务器可以使用来自某些高通量实验(如exome seq和rna seq)的候选基因列表进行 ...2024-05-19 已阅读: n次
KEGG-parser kegg解析器:一个用于解析kegg数据并将其转换为可操作的python对象的工具。 此包Python名称:KEGG-parser 目前版本: KE ...2024-05-19 已阅读: n次
getDatabase 该模块可用于下载HMDB和KEGG数据库。 此包Python名称:getDatabase 目前版本: getDatabase 0.0.3 ...2024-05-19 已阅读: n次