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关于kegg 相关联的Python项目和问题：

Python类中的名称错误

我在写一节课： from bioservices import KEGGParser class Retrieve_Data(): def __init__(self): d ...

2024-04-16 已阅读: n次

解析特定单词后的文本文件

我想解析以下文件并获取“ID”和“Label”后面的值： {"data" : [{ "id" : "3743", "fgColor" : "#000000", "Comment ...

2024-04-16 已阅读: n次

删除不包含特定文本Python的行

我有一个表格文件，如下所示： query_name KEGG_KOs PROKKA_00013 NaN PROKKA_00015 bactNOG[38] PROKKA_00017 ...

2024-04-16 已阅读: n次

当我遇到html中的注释时，如何停止使用BeautifulGroup提取href标记？

03420&nbsp;&nbsp;<a href="/kegg-bin/show_pathway?ban03420">Nucleotide excision rep ...

2024-04-16 已阅读: n次

LXML：获取标题/顶层命令

最好使用LXML库，有没有一种方法可以在解析完XML结构之后访问它的顶部的注释。我想避免解析纯文本“我自己”。你知道吗这个例子让我对它的兴趣显而易见，我想：） <?xml version="1 ...

2024-04-16 已阅读: n次

使用beauthoulsoup帮助分析<pre>标记

我试图用beauthulsoup和python从一个网站上解析出信息。html如下所示。我希望我的解析数据看起来像： ID定义赖氨酸生物合成-伯氏伯克霍尔德菌17 ... 其余的数据放在相似的地方（ ...

2024-04-16 已阅读: n次

如何在定义类时避免名称错误？

我正在写一节课： from bioservices import KEGGParser class Retrieve_Data(): def __init__(self): ...

2024-04-16 已阅读: n次

如何检索给定KEGG化合物的所有ChEBI id？

假设我想使用bioservices将KEGG ID映射到ChEBI ID，我可以： from bioservices import * kegg_con = KEGG() kegg_entry = ...

2024-04-16 已阅读: n次

如何在不指定使用生物服务的生物体的情况下访问KEGG条目？

我试图通过bioservices访问KEGG，以获得有关基因列表的某些信息。问题是我事先不知道每个基因属于哪个有机体；在我的列表中可能有很多基因都属于不同的有机体。我的问题是，我不知道如何检索所需的有 ...

2024-04-16 已阅读: n次

如果两个文件中的值与Python匹配，则合并行

我有两个文件，文件1如下： #query_name KEGG_KOs PROKKA_00019 K00240 PROKKA_00020 K00246 PROKKA_00022 K02887 ...

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从KeGG路径文档中提取复合名称

对于一个项目，我想从KeGG网站的许多路径中提取所有复合名称。一个有机体中所有路径的列表看起来像this。对于每个路径，我提取名称并存储描述。然后我想得到所有在这个途径中起作用的化合物。关于KeGG路 ...

2024-04-16 已阅读: n次

删除不包含特定文本的行

我有一个表格文件，如下所示： query_name KEGG_KOs PROKKA_00013 NaN PROKKA_00015 bactNOG[38] PROKKA_00017 ...

2024-04-16 已阅读: n次

pathme

pathme是一个python包，旨在将kegg[2][3][4]、reactome[5][6]、wikipathways[7][8][9]转换为生物表达语言。它是Compath Web应用程序的 ...

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FEV-KEGG

自述文件==fev\@kegg----fev\@kegg允许轻松分析kegg（京都基因和基因组百科全书）中生物体的代谢网络。请阅读以下api文档：https://fev kegg.readthedoc ...

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mod_sbml

#mod_sbmlmod_sbml以[sbml格式]（http://sbml.org）、实现用于处理代谢模型的实用程序，其中包括：-带有标识符的模型注释，来自：*kegg（http://www.gen ...

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bio2bel-kegg

这个包通过包装其restful api，允许用kegg信息丰富bel网络。此外，它还集成在ComPath environment中，用于路径数据库比较。安装 bio2bel_kegg可以通过Py ...

2024-04-16 已阅读: n次

KRNet

构建代谢网络的python3包（networkx有向图）从一个反应集（在一个文件中有多个kegg反应）。有关Kegg反应文件格式，请参阅： <；http://www.kegg.jp/kegg ...

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kg

获取（一个子集）京都基因百科全书以及来自命令行或python的基因组。有关示例和文档，请参见url。 ...

2024-04-16 已阅读: n次

MIDASV

#迈达斯 midas是一种自动将kegg和wikipathways的路径交互集成到集成主节点中的算法。通路。这个主路径以逻辑规则的形式表示，以便进一步模拟。啊！[替换文本]（imgs/wp554_ ...

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KEGGutils

#Keggutils公司：在python和networkx中使用kegg #<；img src=“/img/logo_cut.png”alt=“drawing”width=“630”>； ...

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keggrest

kegg rest==rest api的实现，以访问kegg数据库是所有其他调用的基础。将其余调用的片段作为参数。kegglink（db1，db2，**kwargs）->；（dict，dict） ...

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GSVA

#gsva/ssgsea命令行界面和python模块r bioconductor的gsva（gene set variance analysis）包提供了单样本基因集富集分析（ssgsea）的高效计算 ...

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sharepathwa

sharepathway是一个python包，用于kegg路径丰富分析和多个基因列表。已经有几十种工具或网络服务器可以使用来自某些高通量实验（如exome seq和rna seq）的候选基因列表进行 ...

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KEGG-parser

kegg解析器：一个用于解析kegg数据并将其转换为可操作的python对象的工具。此包Python名称：KEGG-parser 目前版本： KE ...

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KPHMMER

kphmmer：检测kegg通路特异基因的隐马尔可夫模型发生器此包Python名称：KPHMMER 目前版本： KPHMMER 1.0.1 ...

2024-04-16 已阅读: n次

getDB

该模块可用于下载HMDB和KEGG数据库。此包Python名称：getDB 目前版本： getDB 0.0.4 最后维护时间：Ju ...

2024-04-16 已阅读: n次

getDatabase

该模块可用于下载HMDB和KEGG数据库。此包Python名称：getDatabase 目前版本： getDatabase 0.0.3 ...

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