如何检索给定KEGG化合物的所有ChEBI id？

Question

假设我想使用bioservices将KEGG ID映射到ChEBI ID，我可以：

from bioservices import *

kegg_con = KEGG()
kegg_entry = kegg_con.parse(kegg_con.get('C00033'))
print(kegg_entry['DBLINKS']['ChEBI'].split())

这会回来的

[u'15366', u'30089']

这意味着有两个ChEBI id与KEGG化合物（KEGG entry C00033）相关。你知道吗

另一种方法是，如果必须进行大量映射，则使用built-in converter如下：

map_kegg_chebi = kegg_con.conv("chebi", "compound")
print(map_kegg_chebi['cpd:C00033'])

这将打印

u'chebi:15366'

因此，对于同一个复合物，虽然有两个ID被分配给这个复合物，但只返回一个ID。有没有办法把它们都找回来？你知道吗

Answer 1

简言之，我没有答案，但这里有一些信息可以帮助你。你知道吗

C00033条目显示了CHEBI数据库中的两个相关实体：15366和30089。现在，如果我们查看CHEBI网站，我们可以看到这两个条目对应于：

• 15366 acetic acid
• 30089 acetate

醋酸盐是从醋酸中损失H+而产生的离子。你知道吗

为什么KEGG决定提供这两个条目：我不知道。你知道吗

使用kegg_con.conv公司，我们可以看到C00033只映射到chebi中的一个结果，这对我来说似乎是合理的（但我同意这一点），因为30089只是醋酸的离子形式（15366）。你知道吗

为了完整性，请注意，使用ChEBI服务（来自bioservices），我们可以将两个ChEBI条目映射回KEGG，我们可以看到：

from bioservices import ChEBI
chebi = ChEBI()
chebi.conv("CHEBI:30089", "KEGG COMPOUND accession")
chebi.conv("CHEBI:15366", "KEGG COMPOUND accession")

两种情况下都返回C00033！然而，在这个例子中，我想说的是，忽略了醋酸的离子形式，并不会损失太多信息。你知道吗

有意思的是系统地检查其他不明确的映射是否也属于这一类（离子形式）