使用生物表达语言（BEL）协调通路数据库
pathme的Python项目详细描述
pathme是一个python包，旨在将kegg[2][3][4]、reactome[5][6]、wikipathways[7][8][9]转换为 生物表达语言。
它是Compath Web应用程序的延续，旨在探索、分析， 以及以基因为中心的途径知识。这种不同的方法包括转换 这些资源中所有进入bel的路径都是协调bel中的实体和关系的关键集成模式。 在这些多重资源中进行排序；因此，能够更全面地评估路径交叉谈判、共识， 还有边界。另外，pathme还有 PathMe-Viewer，一个支持查询、浏览和 导航路径知识由用户友好的可视化辅助。
引文
如果您在工作中使用pathme，请考虑引用：
| [1] | Domingo-Fernández, D., et al. (2018). PathMe: Merging and exploring mechanistic pathway knowledge. BMC Bioinformatics, 20:243. |
安装
- pathme可以使用以下命令安装：
$ python3 -m pip install git+https://github.com/ComPath/PathMe.git@master
- 或在可编辑模式下使用：
$ git clone https://github.com/ComPath/PathMe.git
$ cd pathme
$ python3 -m pip install -e .
如何使用
在使用pathme之前，请确保已经安装并填充了Bio2BEL HGNC 和Bio2BEL ChEBI数据库（简单运行：“python3-m bio2bel_hgnc populate”和 “python3-m bio2bel_chebi populate”）在您最喜欢的终端。
每个数据库有三个主要命令：download、bel和summarize：
- 下载内容
pathme首先需要从原始路径数据库下载原始文件。这可以通过 运行命令（“数据库”可以是kegg、reactome或wikipathways）。例如，python3-m pathme kegg下载
$ python3 -m pathme <database> download
- 生成bel图
下载原始文件后，可以运行以下to命令生成要导出的belgraphs 作为python pickle文件以供进一步分析。此外，转换为bel可以针对每个 使用特定命令的数据库。例如，运行“python3-m pathme kegg bel”时显示kegg参数 –帮助”。最后，请记住，由于 它的rdf文件。
$ python3 -m pathme <database> bel
- 汇总
总结转换为BEL的结果。
$ python3 -m pathme <database> summarize
高级参数
kegg功能
pathme的kegg模块能够根据目标处理不同的kgml。默认情况下，kegg组
把节点的复合体（如基因家族）组合成一个节点，如kegg漫画中所描述的
在kgml文件中表示。但是，可以通过添加参数–flatten=true来修改此行为
在导出命令中。示例：
$ python3 -m pathme kegg bel --flatten
参考文献
凯格
pathme使用kegg-kgml文件，这些文件通过kegg api下载用于学术目的（请确保遵守它们的Terms and Conditions）。
| [2] | Kanehisa, et al. (2017) KEGG: new perspectives on genomes, pathways, diseases and drugs. Nucleic Acids Res. 45, D353-D361. |
| [3] | Kanehisa, M., et al. (2016). KEGG as a reference resource for gene and protein annotation. Nucleic Acids Res. 44, D457-D462. |
| [4] | Kanehisa, M. and Goto, S. (2000). KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 28, 27-30. |
反应性
| [5] | Fabregat, A et al. (2016). The Reactome Pathway Knowledgebase. Nucleic Acids Research 44. Database issue: D481–D487. |
| [6] | Croft, D et al. (2014). The Reactome Pathway Knowledgebase. Nucleic Acids Research 42.Database issue: D472–D477. |
维基路径
| [7] | Slenter, D.N., et al. (2017). WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research. Nucleic Acids Research, doi.org/10.1093/nar/gkx1064 |
| [8] | Kutmon, M., et al. (2016). WikiPathways: capturing the full diversity of pathway knowledge Nucl. Acids Res., 44, D488-D494. |
| [9] | Kelder, T., et al. (201). WikiPathways: building research communities on biological pathways. Nucleic Acids Res. Jan;40(Database issue):D1301-7 |
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