在networkx上使用kegg数据的简单实用程序
KEGGutils的Python项目详细描述
#Keggutils公司： 在python和networkx中使用kegg #<；img src=“/img/logo_cut.png”alt=“drawing”width=“630”>；<；/img>；
keggutils是为使用python中的kyoto基因和基因组百科全书数据库而设计的工具包，具有一个快速易用的界面：在一行中，您可以从kegg的rest api下载数据，以networkx提供的图形格式组织，然后立即开始探索。
keggutils不仅仅是一个api接口：除了一系列更好地与服务交互的工具之外，它还提供了扩展的{em1}$networkx类和方法（完全兼容nx），以处理不同类型的数据，并帮助您更好地利用底层结构。 keggutils易于扩展，可以立即集成到任何使用networkx处理数据的地方。
##当前生成状态：
](https://circleci.com/gh/filippocastelli/KEGGutils){kind=link}
](https://circleci.com/gh/filippocastelli/KEGGutils/tree/dev){kind=link}
##安装Keggutils #<；a href=“https://pypi.org/”>；<；img alt=pypi src=“https://pypi.org/static/images/logo-large.72ad8bf1.svg”height=“100”>；<；img>；<；/a>；
您可以克隆此repo并将其内容用作任何其他python包，但如果您只需要一个超级简单的插入式解决方案，keggutils可以作为pypi包使用：
要安装它，只需运行
pip安装keggutils
and that should be it!
##依赖关系 为了确保keggutils正常工作，必须满足一些依赖关系： -网络 -matplotlib文件 -好棒的鼻涕虫 -请求 -枕头 -急转弯
注意：如果您使用pip安装keggutils，它会自动为您获取所需的依赖项！
##入门
在这个回购协议中，可以找到四个密集但易于遵循的教程，涵盖了keggutils的大部分功能，而且更多的功能将在未来推出。 要开始，请按照以下链接操作： -[教程0-基础和kegg api]（https://github.com/filippocastelli/KEGGutils/blob/dev/tutorials/Tutorial%200%20-%20Basics%20and%20KEGG%20API.ipynb） -[tutorial 1-酶图]（https://github.com/filippocastelli/KEGGutils/blob/dev/tutorials/Tutorial%201%20-%20EnzymeGraphs.ipynb） -[教程2-kegggraphs、kgglinkgraphs和keggchains]（https://github.com/filippocastelli/KEGGutils/blob/dev/tutorials/Tutorial%202%20-%20KEGGgraphs%2C%20KGGlinkgraphs%20and%20KEGGchains.ipynb） -[教程3-keggpathways]（https://github.com/filippocastelli/KEGGutils/blob/dev/tutorials/Tutorial%203%20-%20KEGGpathways.ipynb）
##贡献
这个项目对贡献和建议是开放的：最简单的方法就是在回购协议上打开一个问题，如果工作量太大，就给我发一封邮件到filippocastelli42@gmail.com
##外部链接
以下是一些有用的链接 -【kegg：京都基因和基因组百科全书】（https://www.kegg.jp/） -[kegg rest api引用页]（https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html） -[kegg-kgml（kegg标记语言）参考页]（https://www.kegg.jp/kegg/xml/） -[networkx github io]（https://networkx.github.io/）
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