Python hdf5_专题 - Python中文网

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关于hdf5 相关联的Python项目和问题：

pythoncreatedhdf5数据集在Matlab中的转换

我有一些数据在Python和Matlab之间共享。我以前是通过在MATLAB样式的.mat文件中保存NumPy数组来实现的，但是我想切换到HDF5数据集。然而，我注意到了一个有趣的特性：当我将一个Nu ...

2024-04-29 已阅读: n次

Python：对数百万个小文件的慢速读写

Conclusion: It seems that HDF5 is the way to go for my purposes. Basically "HDF5 is a data mode ...

2024-04-29 已阅读: n次

关闭打开的h5py数据fi

在我们的实验室中，我们通过python包将数据存储在hdf5文件中。在实验开始时，我们创建一个hdf5文件，并在文件中存储一个又一个数据数组（除其他外）。当实验失败或被中断时，文件无法正确关闭。因 ...

2024-04-29 已阅读: n次

检查h5py中是否存在节点

我想知道是否有一种简单的方法可以使用h5py检查HDF5文件中是否存在节点。我在文档中找不到任何东西，所以现在我正在使用异常，这很难看。 # check if node exists # first ...

2024-04-29 已阅读: n次

将HDF5文件读入numpy数组

我有以下代码以numpy数组的形式读取hdf5文件： hf = h5py.File('path/to/file', 'r') n1 = hf.get('dataset_name') n2 = np.a ...

2024-04-29 已阅读: n次

在bash、R、python或NCL中将hdf5转换为netcdf4？

在bash中，有没有一种快速简单的方法将HDF5文件转换成netcdf（4）？或者用R、NCL或python自动处理这种转换的简单脚本？在 ...

2024-04-29 已阅读: n次

hdf5数据库中的不可见数据（使用Python/Pandas/ViTables）

我有一个hdf5数据库，这给我带来了一些麻烦。在它应该包含3000个表，其中6列（整数和浮点）加上索引（日期）和可变行数（从100到10000000）。在从昨天开始，当我使用ViTables“查看 ...

2024-04-29 已阅读: n次

使用h5py删除hdf5数据集

有没有办法从hdf5文件中删除数据集，最好使用h5py？或者，是否可以覆盖一个数据集，同时保持其他数据集的完整性？据我所知，h5py可以在5种模式下读/写hdf5文件 f = h5py.File(" ...

2024-04-29 已阅读: n次

不支持hdf5（请安装/重新安装h5py）不支持Scipy！导入TFLearn时？

我得到这个错误： hdf5 not supported (please install/reinstall h5py) Scipy not supported! 当我试图导入tflearn时。我认为 ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何在Python中读取HDF5文件

我正在尝试用Python从hdf5文件读取数据。我可以使用h5py读取hdf5文件，但我无法理解如何访问文件中的数据。我的代码 import h5py import numpy as np ...

2024-04-29 已阅读: n次

Python、PyTables、Java将所有这些绑定在一起

简单的问题让Python和Java更好地相互配合的最佳方法是什么？在更详细的解释我的情况有点复杂。我会尽量用图片和文字来解释。以下是当前的系统架构：在我们有一个用Java编写的基于agen ...

2024-04-29 已阅读: n次

有效地从大数据集创建二维直方图

我想用python从HDF5文件中存储的大数据集（100000多个样本）创建2d直方图。我想出了以下代码： import sys import h5py import numpy as np impo ...

2024-04-29 已阅读: n次

Meth5p

方法5年这将分析来自 BSMAP's甲基比率.py BSMAPz's甲基比率.py 并为基于位置的快速查询生成一个稀疏的压缩hdf5表示。索引是1-Basic，遵循与SAMoToice的FAI ...

2024-04-29 已阅读: n次

nineml

nineml（9ml）是一种描述神经元网络模拟（http://nineml.net），由 NineML specification。 nineml python库是一个用python编写的 ...

2024-04-29 已阅读: n次

h5wqueue

使用worker编写hdf5文件的简单实用程序此包Python名称：h5wqueue 目前版本： h5wqueue 0.1 最后维 ...

2024-04-29 已阅读: n次

pibayer

[！[构建状态]（https://travis-ci.com/scivision/pibayer.svg？branch=master）（https://travis ci.com/scivision/ ...

2024-04-29 已阅读: n次

sefara

sefara是一个用于管理数据集的python库。它提供了一种方法来指定数据集是什么（通常是文件系统路径）和任何元数据（例如它们来自哪个实验），然后在分析脚本和笔记本中方便地引用它们。 sefara不 ...

2024-04-29 已阅读: n次

h5cli

[！[代码样式：黑色]（https://img.shields.io/badge/code%20style-black-000000.svg)](https://github.com/ambv/bla ...

2024-04-29 已阅读: n次

hdf5able

从以ndarray为中心的对象到hdf5的高效序列化接口此包Python名称：hdf5able 目前版本： hdf5able 0.3.0 ...

2024-04-29 已阅读: n次

hdf5storage

概述这个python包提供高级实用程序来读/写 hdf5（hierarchal数据格式）格式的各种python类型文件夹。该软件包还支持matlab mat v7.3格式文 ...

2024-04-29 已阅读: n次

h5glance

h5glance允许您在终端或HTML界面中浏览HDF5文件。在终端中，您可以获得文件的树视图： $ h5glance sample.h5 sample.h5 └path └inside ...

2024-04-29 已阅读: n次

hedfp

#快乐的 hedfpy是一个将sr-research眼线位置和瞳孔大小数据转换为hdf5格式的工具。hedfpy还可以将数据预处理到大多数标准瞳孔大小分析的起点，例如使用[firdecolution] ...

2024-04-29 已阅读: n次

SNPmatch

#snpmatch snpmatch是一个python工具包，它可以用来对数据库行中低至4000个标记的样本进行基因分型。snpmatch可以使用简单的似然方法高效、经济地对样本进行基因分型。 ##安 ...

2024-04-29 已阅读: n次

arfx

用于读取和写入高级录制格式文件的命令行工具。 arf文件是hdf5文件，用于存储音频和神经生理记录。以一种合理的、层次化的格式。数据是按照输入，这是一组同时启动的数据通道。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

alpaca-variant-caller

羊驼是下一代测序的单核苷酸变异调用者数据，提供对错误发现率的直观控制示例过滤场景，利用CPU、GPU或任何协处理器上的OpenCL 加速计算并使用基于hdf5的迭代持久存储在几秒钟内完善分析。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

h5io

h5io h5io是一个旨在帮助保存一些标准python的包对象转换为向前兼容的HDF5格式。是更高层次的包比h5py大。获取最新代码要使用git获取最新代码，只需键入： git clo ...

2024-04-29 已阅读: n次

h5browse

h5browse（以前叫dataviz）是一个用于浏览hdf5文件的实用程序。它是为分析保存在自定义格式。但是这个界面是通用的，可以显示简单的 HDF5文件。这些工具完全用于神经元数据分析。但是 ...

2024-04-29 已阅读: n次

spec2nexus

将规范数据文件和扫描转换为nexus hdf5文件： $ spec2nexus path/to/file/specfile.dat 写入路径/to/file/specfile.hdf5 cond ...

2024-04-29 已阅读: n次

pytorch-fast-elmo

Pythorch快速elmo 简介一个具有以下功能的快速elmo实现：更低的执行开销。核心组件在libtorch中重新实现，以减少python执行开销（45%加速）。 {STR 1 ...

2024-04-29 已阅读: n次

libDetXR

探测器x射线python包这些python脚本中的大多数可以使用选项'-h'调用，以获得更详细的帮助。 libdetxr.py libdetxr.（dll，so）库的包装器。它们包含以下C功能 ...

2024-04-29 已阅读: n次

mosaik-hdf5

Mosaik-HDF5 将mosaik仿真数据存储在hdf5数据库中。 mosaik-hdf5存储模拟的关系图，时间序列连接到它的实体和可选的静态实体和模拟元数据。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

expressionable

#expressionable python模块expressionable python模块的官方存储库，它允许：*将表格数据集从一种格式转换为另一种格式。*查询大数据集以筛选有用的数据。*选择要包 ...

2024-04-29 已阅读: n次