关闭打开的h5py数据fi

Question

在我们的实验室中，我们通过python包将数据存储在hdf5文件中。

在实验开始时，我们创建一个hdf5文件，并在文件中存储一个又一个数据数组（除其他外）。当实验失败或被中断时，文件无法正确关闭。 因为我们的实验是从iPython开始的，所以对数据对象的引用仍然（在某个地方）保留在内存中。

有没有办法扫描并关闭所有打开的h5py数据对象？

Answer 1

这就是它的实现方式（我不知道如何毫无例外地检查文件的关闭状态，也许您会发现）：

import gc
for obj in gc.get_objects():   # Browse through ALL objects
    if isinstance(obj, h5py.File):   # Just HDF5 files
        try:
            obj.close()
        except:
            pass # Was already closed

另一个想法：

Dpending如何使用文件，如何使用上下文管理器和像这样的with关键字？

with h5py.File("some_path.h5") as f:
   f["data1"] = some_data

当程序流退出with块时，无论发生什么，文件都将关闭，包括异常等

Answer 2

pytables（它使用h5py）跟踪所有打开的文件，并提供一个简单的方法来强制关闭所有打开的hdf5文件。

import tables
tables.file._open_files.close_all()

属性_open_files还提供了一些有用的方法，可以为打开的文件提供信息和处理程序。

Answer 3

我发现hFile.bool（如果打开）返回True，否则返回False。这可能是最简单的检查方法。 换言之，请执行以下操作：

hFile = h5py.File(path_to_file)
if hFile.__bool__():
       hFile.close()