如何在Python中读取HDF5文件

Question

我正在尝试用Python从hdf5文件读取数据。我可以使用h5py读取hdf5文件，但我无法理解如何访问文件中的数据。

我的代码

import h5py    
import numpy as np    
f1 = h5py.File(file_name,'r+')    

这是有效的，文件被读取。但是如何访问文件对象f1中的数据呢？

Answer 1

读取HDF5

import h5py
filename = 'file.hdf5'

with h5py.File(filename, 'r') as f:
    # List all groups
    print("Keys: %s" % f.keys())
    a_group_key = list(f.keys())[0]

    # Get the data
    data = list(f[a_group_key])

写入HDF5

#!/usr/bin/env python
import h5py

# Create random data
import numpy as np
data_matrix = np.random.uniform(-1, 1, size=(10, 3))

# Write data to HDF5
with h5py.File('file.hdf5', 'w') as data_file:
    data_file.create_dataset('group_name', data=data_matrix)

有关详细信息，请参见h5py docs。

替代品

• JSON：很适合编写人类可读的数据；非常常用（read & write）
• CSV：超简单格式（read & write）
• pickle：Python序列化格式（read & write）
• MessagePack（Python package）：更紧凑的表示（read & write）
• HDF5（Python package）：很适合矩阵（read & write）
• XML:也存在*叹息*（read&；write）

对于您的应用程序，以下内容可能很重要：

• 其他编程语言支持
• 读写表现
• 紧凑性（文件大小）

另请参见：Comparison of data serialization formats

如果您正在寻找创建配置文件的方法，那么您可能需要阅读我的短文Configuration files in Python

Answer 2

你可以用熊猫。

import pandas as pd
pd.read_hdf(filename,key)

Answer 3

读取文件

import h5py

f = h5py.File(file_name, mode)

通过打印HDF5组来研究文件的结构

for key in f.keys():
    print(key) #Names of the groups in HDF5 file.

提取数据

#Get the HDF5 group
group = f[key]

#Checkout what keys are inside that group.
for key in group.keys():
    print(key)

data = group[some_key_inside_the_group].value
#Do whatever you want with data

#After you are done
f.close()