将bsmapz methratio输出转换为快速压缩hdf5格式的类
Meth5p的Python项目详细描述
方法5年
这将分析来自
并为基于位置的快速查询生成一个稀疏的压缩hdf5表示。 索引是1-Basic,遵循与SAMoToice的FAIDX相同的约定。
安装
测试软件包
python setup.py test
然后将其安装到系统软件包位置
pip install .
或者,您的本地路径
pip install --user .
用法
fromMeth5pyimportMeth5pym5=Meth5py('tests/test_meth.txt','tests/test.fa')forrecordinm5.fetch('Chr1',10,11):print(record)m5.close()
文档
可以找到文档here