一种用于读、写和处理9ml对象和文件的工具。
nineml的Python项目详细描述
nineml(9ml)是一种描述 神经元网络模拟(http://nineml.net),由 NineML specification。
nineml python库是一个用python编写的软件包,它映射 为了方便创建,将nineml对象模型放到python类上, nineml模型的操作和验证,以及 序列化到XML、JSON、YAML和HDF5。
链接
与NINEML规范的关系
nineml python库中python模块和类的布局 与NineML specification(v1.0)的结构密切相关。然而, 在nineml python库使用名称和 规范v2.0中计划更改的关系 (nineml python库将向后兼容),例如 将ComponentClass元素重命名为分隔Dynamics, ConnectionRule和RandomDistribution元素 (见https://github.com/INCF/nineml/issues/94)。 nineml v2.0计划更改的完整列表可以在 https://github.com/INCF/nineml/milestone/3。序列化9ml模型时 除非version=2关键字参数是 提供。
除了直接对应于9ml对象模型的类之外,一个 速写符号的范围(“语法糖”)存在于9ML的写作中。 手工模型更方便(参见nineml.sugar模块)。这些 符号通常显示在 储存库。
NINEML目录
NineML Catalog包含一组经过验证的nineml模型,其中 可以使用nineml python库加载和管理。如果您创建 你相信这个模型在计算神经科学中会有更广泛的应用 社区请考虑通过请求拉入目录。
安装
HDF5(开发)
要添加对读或写HDF5序列的支持,必须首先安装 一个HDF5开发库(即带有c头)。
$ brew install hdf5
在ubuntu/debian上HDF5可以通过以下包之一安装:
- libhdf5串行开发(串行)
- libhdf5 open mpi dev(与开放mpi并行)
- libhdf5 mpich dev(与mpich并行)
如果不安装HDF5其他序列化格式仍然可以使用 但是您需要手动安装包(即不使用pip)。
PIP
nineml python库可以使用pip安装:
$ pip install nineml
copyright: | Copyright 20011-2017 by the NineML Python Library team, see AUTHORS. |
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license: | BSD 3, see LICENSE for details. |