Python snp_专题 - Python中文网

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关于snp 相关联的Python项目和问题：

在pandas列中获取第一个和第二个最高值

我正在用熊猫分析一些选举结果。我有一个DF，Results，每个选区有一行，代表不同党派的选票（超过100人）： In[60]: Results.columns Out[60]: Index(['C ...

2024-05-15 已阅读: n次

用a+B列中的字符替换[C]中的字符的最佳方法是什么

我用熊猫和我得到堆栈在下面的任务。你知道吗我有下表： CHROM POS SNP chr1 931131 ? chr1 959265 ? chr1 970922 ...

2024-05-15 已阅读: n次

在多个条件下合并数据帧-不是特别针对相等的值

首先，对不起，如果这有点长，但我想充分说明我有什么问题，我已经尝试了。我试图在多个条件下将两个dataframe对象连接（合并）。如果要满足的条件都是“等于”运算符，我知道如何做到这一点，但是，我需 ...

2024-05-15 已阅读: n次

在Python2.6中，如何在for循环中更改全局变量

我想在for循环中更改变量的值，但在循环完成时更改新的保留变量我的尝试（和我实际做的事情相比有点简单） SNP是一个列表，compar 1是一个列表 line_1 = empty_row for ...

2024-05-15 已阅读: n次

如何改进循环Python脚本，在每个循环上针对不同的条件进行不同的数学运算？

我再次发布，因为我没有运气试图使下面的脚本更有效。有关更多详细信息，请查看我的previous post，但基本情况如下。你知道吗我写了一个脚本来计算一个分数，以及一系列基因图谱的频率。你知道吗这 ...

2024-05-15 已阅读: n次

有条件地调用R中的特定列

我有一个.gz文件，其中包含一个大文本文件。结构如下所示： propVarQ,0.1 multiplier,2.0 p,1,chr1,3 p,1,locus1,80828536,35.735,0.43 ...

2024-05-15 已阅读: n次

过滤大文件会返回一个空的新文件

我是python新手，所以请原谅我这个问题太基本了。我一直在尝试使用另一个文件（大约100000行）中的patrens筛选大文件中的行（>；85000000行）。我想逐行读取这些文件以节省内存 ...

2024-05-15 已阅读: n次

Django为原子插入锁定行

我们使用的是django1.3。我们的模型是： class Info(models.Model): class Meta: ordering = ('-ts','snp_num ...

2024-05-15 已阅读: n次

增加Pandas数据帧插补性能

我想用pandas来填充一个大的数据矩阵（90*90000），然后是一个更大的数据矩阵（150000*800000）。目前，我正在笔记本电脑上测试较小的一个（8gb内存，Haswell core i ...

2024-05-15 已阅读: n次

比较两个具有长列表的文件，以获取公共元素和相邻信息

我有两个大文件。文件A看起来像： SNP_A-1780270 rs987435 7 78599583 - C G SNP_A-1780271 rs345783 15 33395779 - C G SN ...

2024-05-15 已阅读: n次

一种有效的划分大范围fi子集的方法

我以前曾发布过一个问题，用R:subset recursively a data.frame来解决，但是这个文件太大了，我需要大量的时间和RAM内存来读取它。我想知道我是否可以在python中使用pa ...

2024-05-15 已阅读: n次

将SNP映射到CD的Python脚本

我正在尝试制作一个程序，它将标识包含SNP的{a1}。它从两个文件填充两个字典，一个包含SNP，另一个包含GFF3文件。从GFF3文件填充的一个dict包含CDS名称和它们作为元组的位置。在例如： ...

2024-05-15 已阅读: n次

Ypredict

#ypredict**ypredict**是一个基于python的软件包，可以预测y染色体的单倍型组。在这里，我使用calculate rank方法自动找到最有可能的y单峰群。对于每一个y单峰群，我根 ...

2024-05-15 已阅读: n次

snps

单核苷酸多态性用于读取、写入、合并和重新映射snp的工具能力从各种直接对消费者（dtc）dna检测源中读取原始数据（基因型）文件读取和写入构建36、37和38的vcf文件（例如，将2 ...

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sprint

#冲刺 #张峰（15110700005@fudan.edu.cn） #pip install sprint #详情见http://sprint.tianlab.cn/SPRINT/ ...

2024-05-15 已阅读: n次

SNPmatch

#snpmatch snpmatch是一个python工具包，它可以用来对数据库行中低至4000个标记的样本进行基因分型。snpmatch可以使用简单的似然方法高效、经济地对样本进行基因分型。 ##安 ...

2024-05-15 已阅读: n次

snp-mutator

从参考基因组生成突变序列文件。 snp突变子是由美国食品公司开发的。以及药品管理局，食品安全和应用营养中心。免费软件文档：https://snp-mutator.readthedocs.io ...

2024-05-15 已阅读: n次

PACtool

概要pactool是一个对snp变体的控制/病例数据进行gwas分析的程序，并使用python 3实现。-所有选定snp的每个变体的等位基因频率统一的对照和病例数据集-两个选择的SNP之间的连锁不平衡 ...

2024-05-15 已阅读: n次

snphwe

snphwe：hardy-weinberg平衡的精确检验在python中重新实现hardy-weinberg均衡的精确snp检验在Wigginton，Je，Cutler，DJ和Abecasis，G ...

2024-05-15 已阅读: n次

snpflip

报告反向和不明确的链snp。有关示例和文档，请参见url。 ...

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EpistaSim_Linux

epistasim是一个linux仿真器，它可以在单倍型选择模型下，通过前向和后向的过程，结合突变和重组，估计单倍型频率并模拟与目标两个位点相连区域的dna序列。软件的输出与hudson的ms软件相 ...

2024-05-15 已阅读: n次

vcftoolz

用于处理变量调用格式文件的工具。 VCF TOOLZ是由美国食品公司开发的以及药品管理局，食品安全和应用营养中心。免费软件文档：https://vcftoolz.readthedocs.i ...

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admix

外加剂是一个简单的工具来计算祖先组成（混合比例）从snp原始数据提供的各种dna测试供应商（如23andme和祖先dna）。有关详细信息，请参阅https://github.com/stevenli ...

2024-05-15 已阅读: n次

pypgen

Pypgen为评估标准基因提供了多种实用工具多样性措施，包括GST、G'ST、G'ST和JOST D 基因组数据集（Hedrick，2005；Jost，2008；Masatoshi Nei，1973 ...

2024-05-15 已阅读: n次

snptools

一套用于snp研究的工具此包Python名称：snptools 目前版本： snptools 0.01 最后维护时间：Jan 8, ...

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snp-pipeline

snp-pipeline is a pipeline for the production of SNP matrices from sequence data used in the phylog ...

2024-05-15 已阅读: n次

cellSN

cellsnp的目的是将单细胞或体rna序列中表达的等位基因重叠。数据，可直接用于多工单体的施主反褶积- 细胞rna序列数据，特别是cardelinor包中的vireo，其中将细胞分配给捐赠者并检 ...

2024-05-15 已阅读: n次

dartqc

##dartqc质量控制管道命令行管道，以便于对来自分集阵列技术（dart）的snp数据进行质量控制。此版本是对原始脚本的重新编写，目的是在JCU的HPC上更方便用户和执行。这假设您在本地unix系统 ...

2024-05-15 已阅读: n次

pairsnp

pairsnp python 安装这是在西蒙·弗罗斯特的帮助下编写的python3版本的pairsnp git clone https://github.com/gtonkinhill/pairs ...

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snp-caller

rheos snp调用者的初始实现 ...

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vsnpdev

{a1} ...

2024-05-15 已阅读: n次

EpistaSim_Windows

上位酶是在单倍型选择模型下，通过前向和后向的结合突变和重组过程，估计单倍型频率并模拟与目标两个位点相连区域的dna序列的模拟器。软件的输出与hudson的ms软件相似（hudson，1990）。Ep ...

2024-05-15 已阅读: n次