快速解析refgene文件中的基因和外显子
refgene_parser的Python项目详细描述
refgene parser
<；h3 align=“center”>；安装<；h3>；
>克隆respository，然后在本地安装：
``` bash
$git clone https://github.com/clintval/refgene parser.git
$pip install refgene parser
````
<；h3 align=“center”>；依赖项<；/h3>；
-无
<；h3 align=“center”>；教程<；/h3>；
=10:break
print（gene）
```
`` python
`` python
`` python
`` python
gene（“chr2”，1170529292929117333985，“+”，name=“il15ra”， id="NM_001271498")
gene（“chr7”，14243497614244497614244494976142440396，“+”，name=“syt8”， id="NM_001285857")
gene（“chr1”，78424747444447444478484848884444447848488897，“-”，name=“farsb”，“-”，name=“farsb“，name=”trpv2“， id="NM_011706")
基因（“chr12”，100199434102009824，”+“，姓名=“calm1”， id="NM_009790")
gene（“chr5”，3093314231423099454480，”-“，name=“cgrref1”， id="NM_026770")
gene（“chr4”，142084297142088101，”+“，name=“tmem51os1”， id="NR_027137")
gene（“chr10”，77257777727725922377259223，”-“，name=“gm10941”， id="NR_026944")
gene（“chr10”，77706586777065658677706986777065867770658677706986，”+“，”，姓名=“gm10272”， id="NR_026831")
gene（“chr4”，3096}$gene（“chr4”，1420842424241414114208}$gene（“chr7”，100549116100607996，”-“，name=”mrpl48“， id="NR_003559")
gene（“chr7”，7212995，7278289，“-”，name=“vmn2r29”， id="NR_003555")
````
<；h5 align=“center”>；与基因符号名完全匹配<；/h5>；
>；将返回与“name==kras `
``python
>kras=refgene.gene ruby'kras'kras'
print（kras）
print（kras.sam_interval）
print（kras.num_exons）
```
``python
``python
``python
``python
``python
``python基因（chr6，145216669811452166698114521666869811452166698114525125250231231，“-”，name=“kras”，^{id12{12 145250231'
5
````
<；h5 align=“center”>；与基因id的精确匹配<；h5>；
>>；将返回第一个匹配的记录，id==nm\009085 `
``python
nm\009085=refgene.gene匹配的第一个记录将返回第一个匹配的记录，id==nm\009085 ``gene.gene匹配的基因（nm'009085’'nm'009085’）
````````
``````````````` python
````````````````` python基因（python
``
<；h5 align=“center”>；基因符号名的模糊匹配<；h5>；
`python
list（refgenenegengengengengengengengengengengengengengengengengengengengengengengengengen按人名模式（'^.ras$''）
```
``python
[gene（chr3，10305828410305828284103067914，“+”，name=“nras”，name=“nras”， id="NM_010937"),
$gene（chr7，450180061450180061450180061450166445016644501664450166445016444444444444444444444444444444444444444444444444，“+”，name=“rr2757928607，“-”，name=“eras”， id="NM_181548"),
基因（“chr7”，141189933，14119419404，“-”，name=“hra”， id="NM_008284"),
gene（“chr6”，14521666981145250231145125125231145125231，“-”，name=“kras”， id="NM_021284"),
gene（“chr9”，993854199993854199436712，“-”，name=“mras”， id="NM_008624"),
gene（“chr7”，141189933，14118993314119404，“-”，name=“hra”， id="NM_001130444"),
gene（“chr7”，1411899331318993314119404，“-”，name=“hra”， id="NM_008284"),
gene（{id17}$gene（'kras“， id="NM_021284"),
gene（{}$```
<；h5 align=“center”>；基因识别的模糊匹配<；h5>；
``python
list（refgenenegengengengengengengengengengengengengengenescuu模式（'nr'u00355*''）
``
```python
[gene（“chr7”，100549116100607996，“-”，name=“mrpl48”， id="NR_003559"),
gene（“chr7”，721299572129957278289，“-”，name=“vmn2r29”，^{id23}id23}23}$gene（“chr15”，8263674982642045，”-“，name=”cyp2d13“， id="NR_003552"),
gene（“chr3”，9237373914，92375229，“+”，name=“sprr2g”， id="NR_003548"),
gene（chr13，104173720104173720104178466，“-”，name=“trappc13”， id="NR_003546"),
gene（chr5，104173720104173720720104178466，“-”，name=“trappc13”， id="NR_003546"),
gene（chr5，309950065，309955095，“+”，name=“abhd1”， id="NR_003522"),
gene（chr17，3064317，3084183，“-”，name=“pisd-ps2”，^{{id27}$gene（{id27}$gene（chr27}$gene，“[ch9，“-”，name=“pisd-ps3”， id="NR_003518"),
基因（“chr11”，3124020，3131944，“+”，{id30}$gene（chr16，97536080975360809756090901，“+”，name=“mx2”， id="NR_003508"),
gene（chr5，120812634141414141120824160，“+”，name=“oas1b”， id="NR_003507"),
gene（chr5，10865028，10870808，“+”，name=“GM6455”， id="NR_003596"),
gene（chr5，10865028，10865028，10870808，“+”，name=“GM6455”， id="NR_003596"),
gene（chr19，58422955842295，58424548505845480，“-”，584545480，“-5845480，”，5845480，“gene（“chr15”，6221754062219451，”-“，name=“h2afy3”， id="NR_003523"),
基因（“chrx-gl456233-random”，268798270075，”+“，name=”zf12“， id="NR_003547"),
基因（“chr16”，9744703497462906，”-“，name=”mx1“， id="NR_003520"),
基因（“chr11”，88964665，88966917，”-“，name=”gm15698“， id="NR_003564"),
基因（“chr13”，12614064，12650395，”-“，name=”gpr137b ps“，^{id39}”
欢迎加入QQ群-->： 979659372
