Python 基因_专题 - Python中文网

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关于基因相关联的Python项目和问题：

我只想要一根木头

我在用seaborn绘制一些生物学数据。我只想要一个基因对另一个基因的分布（在大约300个病人中表达），这对graph = sns.jointplot(x='Gene1',y='Gene2',dat ...

2024-04-24 已阅读: n次

比较数组：根据坐标对TSV文件中的行进行分组

我正在尝试使用python2.7.2对包含制表符分隔值列表的文件执行一些操作。有关更多信息，文件格式称为BED，表示一个基因列表，其中每个基因用一行表示。每行的前三个字段表示坐标。另一个字段包含的描述 ...

2024-04-24 已阅读: n次

在多个条件下合并数据帧-不是特别针对相等的值

首先，对不起，如果这有点长，但我想充分说明我有什么问题，我已经尝试了。我试图在多个条件下将两个dataframe对象连接（合并）。如果要满足的条件都是“等于”运算符，我知道如何做到这一点，但是，我需 ...

2024-04-24 已阅读: n次

Python列表，csv，复制rem

尽管我对python非常陌生，但我不明白为什么我不能解决这个问题/采取正确的方法。因此，任何帮助，链接到一个有用的教程是高度赞赏，因为我不得不做这种事情时有发生。你知道吗我有一个CSV文件，我需要重 ...

2024-04-24 已阅读: n次

如何在Python中查找特定文件

我有一个目录，其中包含以下结构的文件 A2ML1_A8K2U0_MutationOutput.txt A4GALT_Q9NPC4_MutationOutput.txt A4GNT_Q9UNA3_Mut ...

2024-04-24 已阅读: n次

python搜索一组单词

简单地说，我正在寻找一种使用正则表达式而不使用for循环在字符串中搜索一组单词的最快方法。i、 e.有没有办法做到这一点： text = 'asdfadfgargqerno_TP53_dfgnafoq ...

2024-04-24 已阅读: n次

为alph创建自定义图例/指南

我正试图描绘基因表达水平。基本上，我为每个基因画一个“pyplot.arrow”并用alpha=expression\u level给它上色。表达式级别标准化为0到1之间的值。现在我想创建一个基于a ...

2024-04-24 已阅读: n次

增加新的GPR反应

我有一个模型，想给它添加一个全新的路径。一些代谢物已经存在于模型中，其他的必须被创建。我还必须使用模型中尚未出现的基因来添加GPRs。你知道吗我找到了函数addReaction，但使用时总是出现错误 ...

2024-04-24 已阅读: n次

获取pandas groupby对象的max of count（）函数

问题使用pandas，我需要返回每个groupby对象的最大计数行。数据集我有一个名为“matches”的数据框，它如下所示： FeatureID gene pos 0 1 ...

2024-04-24 已阅读: n次

tsv文件和基于源文件的列重命名之间的完全联接

我有176个.tsv文件，这是基因比对的结果，如下所示： ^{tb1}$ 在这些文件中，我希望target_id列之间有一定的重叠，但不完整，因此我希望进行完全联接并保留所有行。此外，我感兴趣的是 ...

2024-04-24 已阅读: n次

连接Python中的数据帧字典

我循环浏览了一个excel文件文件夹，将它们转换为数据帧，并将这些数据帧放入字典中，其中键是文件名。我想做的是使这个大数据框中的文件名无关紧要，因为我需要的数据的列名是唯一的。我想合并“基因”列，因为 ...

2024-04-24 已阅读: n次

将字典值（列表）写入输出文件Python

我试图将字典中的值（列表）打印到另一个文件的第三列，该文件在第一列中包含dictionary键。我希望在输出文件的第三列打印值列表，并用空格分隔每个值。我知道我的问题在于Python不能写非字符串的东 ...

2024-04-24 已阅读: n次

CrowdGO

pip3安装sklearn PIP3安装熊猫 pip3安装numpy python3 crowdgo.py-i example\u输入/input.tab-r example\u输出/randomfo ...

2024-04-24 已阅读: n次

oligotyping

寡分型寡分型是一种新的有监督的计算方法利用非常细微的核苷酸变异在微生物群落中分类在16s核糖体rna基因扩增子中。它可以显示以前未观察到的生态模式和隐藏在环境数据集中的多样性。寡分型，取决 ...

2024-04-24 已阅读: n次

GReNaDIne

格林纳丁：基因调控网络数据驱动推理这个Python3.7包允许通过几个数据驱动方法。还包括预处理和评估方法。依赖性 pip install numpy版本1.16.2 pip install ...

2024-04-24 已阅读: n次

ppanini

ppanini（通过自动化数据网络集成对新的和重要的基因的功能注释进行优先排序和预测）提供了一个计算管道，根据微生物基因的亚基因组特性（如流行率和丰度）对其进行优先排序。然后，可以使用我们的可视化工具 ...

2024-04-24 已阅读: n次

cellannotation

#单元格批注此包提供了基于 mann-whitney u检验和超几何检验。目前，我们提供了基于标记的细胞类型快速标注基因表达数据基因。 ##制作文档要构建文档，需要有sphinx python ...

2024-04-24 已阅读: n次

smfishHmrf

该工具从多个单分子鱼或其他空间分析技术生成的空间基因表达数据推断出空间域样模式 ...

2024-04-24 已阅读: n次

genaa

genaa是一个命令行工具，用于生成ascii art: +-----+ +---+ +-----+ +-----+ +-----+ | | | | ...

2024-04-24 已阅读: n次

gaet

基于基因的装配评估工具-评估单个装配或使用批注比较两个程序集。开始 pip install [--user] gaet gaet assembly.gff gaet --reference r ...

2024-04-24 已阅读: n次

naturalselection

自然选择一种通用的蟒蛇遗传算法，它还内置了对神经网络的超参数调整支持。安装 $ pip install naturalselection 用法下面是一个玩具示例，它针对除法优化了一对数字。 & ...

2024-04-24 已阅读: n次

genetables

2024-04-24 已阅读: n次

genecoder

要求第4季度第4季度（Mac OS X）建议通过自制安装qt4。安装Homebrew如下： $ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubuser ...

2024-04-24 已阅读: n次

arboreto

The most satisfactory definition of man from the scientific point of view is probably Man the ...

2024-04-24 已阅读: n次

malachite

孔雀石：toppgene的基因富集元分析（gem）工具研究人员通常使用toppgene和在线工具等软件对基因表达数据进行富集分析。这个过程不允许同时分析和比较多个基因数据集。孔雀石使研究人员能够对多 ...

2024-04-24 已阅读: n次

bcbio-phyloblast

用于基因系统发育评估的分布式blast 此包Python名称：bcbio-phyloblast 目前版本： bcbio-phyloblast 0.1 ...

2024-04-24 已阅读: n次

impute

这只是一个文档的演示。主题1 主题2 位于http://pypi.python.org/pypi的python包索引（也称为pypi或cheeseshop）。此项目使用setuptools、s ...

2024-04-24 已阅读: n次

teritori

简介寻找复制的起源（ori）和终点（ter）对于涉及基因组数据测序的所有研究都是重要的，主要是因为它为序列提供了明确的起点和终点，并且能够对不同的样本进行比较和分析。了解这些位 ...

2024-04-24 已阅读: n次

OrthoEvol

...

2024-04-24 已阅读: n次

bio2bel-go

将基因本体（go）转换为bel 安装 bio2bel_go可以通过PyPI轻松安装您最喜爱的终端中的以下代码： $ python3 -m pip install bio2bel_go 或者来自G ...

2024-04-24 已阅读: n次

BiologicalProcessNetworks

可用性 pybpn版本可从python包索引中获得（pypi）。点击http://pypi.python.org/pypi/biologialprocessnetworks" ...

2024-04-24 已阅读: n次

ncgocr

#NCGOCR[！[]（https://img.shields.io/travis/jeroyang/ncgocr.svg）]（https://travis ci.org/jeroyang/ncgoc ...

2024-04-24 已阅读: n次

Python 基因

关于基因 相关联的Python项目和问题：

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