Python 外显子_专题 - Python中文网

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关于外显子相关联的Python项目和问题：

Python：根据执行前的列表长度追加到mysql命令？

我想在执行之前将条件子句附加到mysql命令，该命令将根据我想从DB中提取的元素的数量而变化。你知道吗例如，我有一个庞大的基因列表，对于每个感兴趣的基因，我都有所有外显子的坐标。你知道吗基因外显子 ...

2024-05-15 已阅读: n次

指定要在循环中求和的数字量

我认为用一个例子来解释我的困境是最好的方法。假设我有一个包含以下信息的文件： isoform snp_rein NM_005101 97 NM_005101 144 NM_19857 ...

2024-05-15 已阅读: n次

如何修复将一个FASTA文件拆分为多个文件的程序中的悖论/偶然循环？

我创建了一个文件，它包含一个GFF3文件和一个FASTA基因组文件，并将GFF3文件中的每个外显子写入一个新文件，将每个外显子基因组写入一个新的CDS文件。问题是，外显子写入一个单独的文件，但CDS文 ...

2024-05-15 已阅读: n次

串联外显子序列并在两者之间插入外显子

所以我想用一个带有外显子序列的FASTA文件执行一个复杂的任务，比如： >MSTRG.1.1_1_30 AAAACGGAGGACCAAGCCGTTTGCCGTACG >MSTRG.1.1_ ...

2024-05-15 已阅读: n次

在python中使用正则表达式在lin中查找两个字符串

我只需要知道如何在文件的一行中搜索两个字符串。在例：我需要这一行包括“蛋白质编码”和“外显子”。如果它真的包括它们，我将打印每行的某些列。我知道如何打印它们，但不知道如何使用regex搜索两个字符 ...

2024-05-15 已阅读: n次

在Python或R中连接多个DNA序列的文本文件？

我想知道如何使用Python或R连接exon/DNA fasta文件示例文件：到目前为止，我非常喜欢为cbind方法使用rape包，这仅仅是因为fill.with.gaps=TRUE属性。当一个物 ...

2024-05-15 已阅读: n次

Python：通过多列中的值解析数据

这可能是一个非常简单的问题，但我希望有人能给我一个快速有效的答案。。。我试图把染色体数据输入数据库，同时稍微改变一下格式。当前数据如下所示： chrom = chr1 txStart = 1342 ...

2024-05-15 已阅读: n次

对两列中与第三列内容相关的制表符分隔的数据重新编号

我还有一个数据处理问题。因此，我有一个.gtf文件，其中包含制表符分隔的数据，我需要提取某些特性。以前我只需要提取每个基因中每个外显子类型的基因ID、POS1和POS2，这就简单多了。我需要做同样的 ...

2024-05-15 已阅读: n次

添加部分行以生成序列行（python）

我有一个文件，上面有这样的行： NM_chr7+115926679 115935830 115927071 11593344 2 115926679115933260，（对本栏感兴趣，这些数字被称为外 ...

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Python lis排序列表

我有这样一个列表：外显子启动外显子完成基因名（重复数百次）我想按外显子开始排序示例列表： ['8342758', '8344137', 'NM_001042682'] ['85420368' ...

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使用python折叠外显子

我试图根据另一个包含外显子所属基因信息的文件，从一个文件中折叠外显子。在一个文件包含外显子的名称和它们对应的基因。在例如： Exon1 Gene4 Exon2 Gene5 Exon3 Gene8 ...

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如何使用python/pandas相交和合并文件，以便根据原始输入文件将重叠部分划分为子区域？

我有一些.bed文件来自提供外显子组测序工具包的不同公司我想有一个文件，总结所有这些工具包的所有目标区域。.bed文件的基本结构由三列组成（chr#、Start、End）我想得到一个输出表，显示哪 ...

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fastacat

在外显子之间连接fasta遗传数据此包Python名称：fastacat 目前版本： fastacat 0.0.4 最后维护时间： ...

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cnvfinder

cnvfinder是一个python 3.x包，用于从基于amplicon的浓缩技术中检测整个外显子序列（wes）数据的拷贝数变化（cnv）。 ...

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fixalign

固定对齐项目修复纳米孔长读中的对齐缺陷。 ...

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pyensembl

Pyensembl pyensembl是一个python接口，用于引用基因组元数据，如外显子和转录本。pyensembl从ensembl ftp服务器下载gtf和fasta文件并将其 ...

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gtf_to_genes

***************************************概述**************************我们需要一种非常快速、轻量级的方法来访问以gtf格式存储的基因数据 ...

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exon-python-libs

外显子python库此包Python名称：exon-python-libs 目前版本： exon-python-libs 0.1.3 ...

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bcbiocov

这个软件包有一组模块来获取目标dna测序的覆盖率统计数据。主要模块： #安装如果您已经安装了bcbio，请执行以下操作： git克隆https://github.com/lpantano/bcbi ...

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spladder

什么是加法器？本自述文件描述了软件spladder，拼接加法器的缩写，一个工具箱。用于基于rna序列比对数据的选择性剪接分析。简而言之，软件采用给定的注释和标准化的rna序列读取比对格式化，将 ...

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bbcu.bt-flor

bt_flor项目的伪代码=从长读中生成转录本对象： “readswithclosestartmapping对象”：平均起始位置（“PositionAverage”对象）外显子起始位置（表示 ...

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HPexome

一种处理整个外显子序列数据的自动化工具全外显子组测序在临床上广泛应用于多种疾病的基因病因鉴定。 hpexome为大规模队列的exome测序数据分析自动化了许多数据处理任务。给定现成的分析比对文件， ...

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outrigger

利用支腿进行大规模的选择性拼接检测和计算支腿是一个程序，它使用从rna seq数据中读取的连接，并且一个图形数据库，用于创建新的可选剪接注释使用图形数据库，并量化事件： ...

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CIRCexplorer

CIRCexplorer公司 circexplorer是一种从后拼接的外显子和内含子lariats中识别连接读取的组合策略。版本：1.1.10 上次修改时间：2016-7-14 作者：张小欧（zh ...

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intron-retention-utils

介绍保留实用程序从rna测序数据计算全基因组内含子保留事件的软件。依赖性 Python pysam>=0.9.0，^{}包。软件 bedtools，hstlib 安装 pip inst ...

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savnet

SavNet 简介 savnet是一个从体细胞突变、剪接连接和内含子保留数据中提取剪接相关变异体（savs）的软件。该软件已用于大规模外显子转录组序列分析：人类癌症顺式作用剪接相关变异体的综合特 ...

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cirrus-ngs

卷云全基因组/全外显子组dna序列中rna-seq、mirna-seq、chip-seq和变体调用的云优化初级分析管道。简介大规模下一代测序数据的生物信息分析需要大量的计算资源。虽然云计算可以按 ...

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brie

brie：异型估计的贝叶斯回归关于布里 brie（bayesian regression for isoform estimate）是一种贝叶斯方法，用于根据rna序列数据估计亚型比例。目前 ...

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agfusion

注释基因融合（agfusion） agfusion是一个python包，用于注释来自人类或小鼠基因组的基因融合。agfusion只需要参考基因组、两个基因伙伴和融合连接坐标作为输入，并输出以下信息： ...

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refgene_parser

refgene parser<；h3 align=“center”>；安装<；h3>；>克隆respository，然后在本地安装：``` bash$git clone htt ...

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filtus

#污秽外显子组测序数据分析软件。要在Linux上使用，您可能需要运行： sudo apt get安装tk tk dev ...

2024-05-15 已阅读: n次

Python 外显子

关于外显子 相关联的Python项目和问题：

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