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关于gene 相关联的Python项目和问题：

如何按列缩小pandas数据帧？

我有一个数据框，如下所示： try: from StringIO import StringIO except ImportError: from io import StringIO ...

2024-04-29 已阅读: n次

Python-从字符串转换负小数

我需要读入大量的.txt文件，每个文件都包含一个十进制数（有些是正的，有些是负的），然后将它们附加到2个数组中（基因型和表型）。随后，我希望在scipy中对这些数组执行一些数学运算，但是负（'-'）符 ...

2024-04-29 已阅读: n次

将re.MULTILINE和re.DOTALL一起使用python

基本上输入文件如下： >U51677 Human non-histone chromatin protein HMG1 (HMG1) gene, complete cds. ...

2024-04-29 已阅读: n次

数据帧Pandas中所有行的Pearson相关

我有一个熊猫的数据框，它的形状是（1361445）。我试图为我的136行创建相关（Pearson）矩阵。所以在结果中，我需要一个136x136的矩阵。我尝试了两种不同的方法，但无法从中得到结果，或者 ...

2024-04-29 已阅读: n次

删除两个文件中不常见的字符串

我有两个文件，文件1包含2列，文件2包含5列。我想从文件2中删除不包含与文件1相同的字符串的行： -文件1，如果这是一个列表，则每行包含[0]和[1] gene-3 + gene-2 - gen ...

2024-04-29 已阅读: n次

使用python多进程在完成后立即在进程上启动一个新函数（作业多于核心）

我在下面编写了一个函数，它调用一个函数（调用外部程序）。我已经将它写为仅限于提供的#个核心，它等待当前所有任务完成，然后再分配更多的任务。你知道吗我确信有一个更好的方法-我怎样才能观察完成的过程，然 ...

2024-04-29 已阅读: n次

如何从输入中选取三个连续的字母并附加到lis

askGene=input("Enter Gene:") ans=askGene.upper() print(ans) newStr='' start=0 end=0 newList=[] ...

2024-04-29 已阅读: n次

仅在模式（“\”）之前保留“id”字符串的一部分

我有个小问题：我实际上有一个fasta文件，比如： g1.t1_0035_0042 ATTAGGAGGAA g2.t1_0042_0042 ATTAGGAGA g3.t1_0042_0035 ATT ...

2024-04-29 已阅读: n次

以下两个while循环逻辑有什么区别。？

我正在尝试实现以下代码。我在这里尝试了两种方法（两个while循环）。至少对我来说是一样的。但其中一个解决方案，即方法2收敛到一个解决方案。而方法1不是。你能帮我找出这两种方法的区别吗。注意： ...

2024-04-29 已阅读: n次

Python csv模块错误：索引超出范围

我有一个CSV文件，我想从中提取列，但只从一些行中提取。看起来像这样： gene_id, ENSDARG00000104632, gene_version, 2, gene_name, RERG g ...

2024-04-29 已阅读: n次

从一个较大的数据帧创建唯一命名的数据帧

对于处理数据帧和循环来说，这是一个全新的概念。在python或R中查找我的查询的答案。我有一个结构类似于下面的数据帧。你知道吗 TP1.v1 | TP1.v2 | TP1.v3 | ...

2024-04-29 已阅读: n次

比较数组：根据坐标对TSV文件中的行进行分组

我正在尝试使用python2.7.2对包含制表符分隔值列表的文件执行一些操作。有关更多信息，文件格式称为BED，表示一个基因列表，其中每个基因用一行表示。每行的前三个字段表示坐标。另一个字段包含的描述 ...

2024-04-29 已阅读: n次

varcode

变量代码 varcode是一个在python中处理基因组变异数据并预测这些变异对蛋白质序列的影响的库。安装您可以使用pip： pip install va ...

2024-04-29 已阅读: n次

pybiomart

一个简单的python biomart接口。 pybiomart的目的是为biomart提供一个简单的接口，该接口可用于从python轻松查询biomart数据库。从这个意义上说，pybiomar ...

2024-04-29 已阅读: n次

gene-cloud

一种增强喷粉剂此包Python名称：gene-cloud 目前版本： gene-cloud 0.0.7 最后维护时间：Apr 2, ...

2024-04-29 已阅读: n次

django-keen

======django-django-django-gene=======>django-gene.io官方客户的简单包装。：=====================>pip安装django-dj ...

2024-04-29 已阅读: n次

CovFuzze

#covfuzze plot一个python脚本，用从多个重复中计算出的标准差来绘制基因覆盖率和ip峰。用法：gene_peak_plot.py[-h][-g gene][-o out]--bams ...

2024-04-29 已阅读: n次

goenrich

戈恩里奇 python提供的方便go enrichments。用于python项目。构建go本体图在图形中向上传播go注释对所有类别执行充实测试执行多次测试更正允许导出到panda ...

2024-04-29 已阅读: n次

pybedtools

概述 BEDTools suite of programs是广泛的用于基因组区间操作或“基因组代数”。pybedtools包装扩展了bedtools并从内部提供功能级操作 Python。 ...

2024-04-29 已阅读: n次

goenrichment

去浓缩包这个包使用一个预计算的数据库从基因名列表中执行go富集分析。 go项是用超几何检验来分析的。去充实数据库 go图结构是从基因本体obo创建的。文件http://current.geneo ...

2024-04-29 已阅读: n次

gene-disease-pubmed

见{a1} ...

2024-04-29 已阅读: n次

omero-mapr

映射器 omero.mapr是一个omero.web应用程序，可以通过链接到图像的属性浏览数据以地图注释的形式。它被Image Data Resource广泛使用，允许用户按各种类别（如基 ...

2024-04-29 已阅读: n次

Exomreport

vcf_split.py拆分注释后的vcf文件，结果文件`samplename.SNP OR INDEL.annovar.filter.csv`和`samplename.SNP OR INDEL.a ...

2024-04-29 已阅读: n次

phizz-genes

#phizz genes一个小的django应用程序，用于表示基因、转录本、omim表型、别名等]````>-运行python manage.py py migrate`来创建模型35 35 35<` ...

2024-04-29 已阅读: n次

gene

软件开发工具包。安装使用pip：安装和更新 pip install -U gene ...

2024-04-29 已阅读: n次

gene-map

用于在各种基因ID之间转换的工具。安装 $ pip install gene_map 用法 $ gene_map --help Usage: gene_map [OPTIONS] M ...

2024-04-29 已阅读: n次

gtfparse

gtfparse GTF（基因转移格式）文件的分析工具。示例用法将gtf文件的所有行解析为pandas数据帧 from gtfparse import read_gtf # retur ...

2024-04-29 已阅读: n次

pyannotables

可注释用于在Ensembl ID和基因名称之间进行转换的Python包（可注释+Pyensbl）免费软件：apache软件许可证2.0 安装 pip安装pyannotables ...

2024-04-29 已阅读: n次

pyopossum3

该包为oPOSSUM3原始数据库表提供了一个面向对象的访问接口。安装安装包的最简单方法是通过easy_install或pip： $ easy_install pyopossum3 依赖关 ...

2024-04-29 已阅读: n次

uniprotmapper

#uniprotmapper一个小程序包，用于通过uniprot的联机api运行映射请求。我们可以：```$pip install uniprotmapper```“format”：“tab”}myq ...

2024-04-29 已阅读: n次

enrichme

丰富全基因组评分或p值的富集试验在基因分类中。 py实现了一个方法，该方法自然地为基因长度、连锁不平衡与基因聚类随机旋转分数得到零分布与他们的基因组位置相反。如果你有全基因组关联研究（g ...

2024-04-29 已阅读: n次

gene-graph-lib

genegraph工具和gcb项目的迷你库 ...

2024-04-29 已阅读: n次