用于将序列注释转换为基因特征枚举（gfe）的python包。
pygfe的Python项目详细描述
Pygfe
python样板包含创建python包所需的所有样板。
- 自由软件：lgpl 3.0
- 文档：https://pygfe.readthedocs.io。
Docker
- Docker Pull NMDP生物信息学/Pygfe
docker run -it --rm -v $PWD:/opt nmdpbioinformatics/pygfe seq2gfe \
-f /opt/your_fastafile.fasta -l HLA-A
示例
>>>fromBioimportSeqIO>>>fromBioSQLimportBioSeqDatabase>>>fromseqann.sequence_annotationimportBioSeqAnn>>>importpygfe>>>seq_file='test_dq.fasta'>>>gfe=pygfe.pyGFE()>>>server=BioSeqDatabase.open_database(driver="pymysql",user="root",...passwd="",host="localhost",...db="bioseqdb")>>>seqann=BioSeqAnn(server=server)>>>seq_rec=list(SeqIO.parse(seq_file,'fasta'))[0]>>>annotation=seqann.annotate(seq_rec,"HLA-DQB1")>>>gfe=gfe.get_gfe(annotation,"HLA-DQB1")>>>print(gfe)HLA-DQB1w0-4-0-141-0-12-0-4-0-0-0-0-0
学分
这个包是用Cookiecutter和audreyr/cookiecutter-pypackage项目模板创建的。
历史记录
0.0.1（2017-11-09）
- pypi上的第一个版本。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
