PyPPL过程需求经理
pyppl-require的Python项目详细描述
要求PYU
PyPPL的需求管理器。在
安装
它需要pyppl_annotate。在
pip install pyppl_require
使用
^{pr2}$要允许分析您的流程，您必须使用toml格式在annotate中放置一个节：
pXXX.config.annotate="""@requires: [bedtools] validate: "bedtools --version" install: "conda install -c bioconda bedtools" # other annotations"""
如果要使用进程属性和aggrs定义这些命令：
pXXX.config.annotate="""@requires: [bedtools] validate: "{{args.bedtools}} --version" install: "conda install -c bioconda bedtools" # other annotations"""
安装到指定目录：
pXXX.config.annotate="""@requires: [bedtools] validate: "{{args.bedtools}} --version" install: "conda install -c bioconda bedtools; ln -s $(which bedtools) {{bindir}}/bedtools" # other annotations"""
{{bindir}}将是传递到命令行的目录。在
pyppl require --pipe <your pipeline> --install </path/to/bin>
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