一个面向对象的工具包，用于分析由charmm、gromacs、namd、lammps或amber生成的分子动力学轨迹。
MDAnalysis的Python项目详细描述
MDAnalysis是一个面向对象的python工具包，用于分析分子 由CHARMM，Gromacs，Amber，NAMD， 或者LAMMPS；它还读取其他格式（例如PDB文件和XYZ format轨迹；有关详细信息，请参阅Table of Supported Coordinate Formats和Table of Supported Topology Formats）。它 也可以与atom一起编写大多数坐标格式 在Gromacs、CHARMM、VMD和PyMOL中使用的选择（请参见 Selection exporters）。
mdanalysis允许读取分子动力学轨迹和 通过NumPy数组访问原子坐标。这提供了 灵活且相对快速的复杂分析任务框架 与更广泛的python生态系统很好地集成。实现了相当完整的atom selection commands。轨迹也可以是 操纵（例如，适合于引用结构）并编写 在一系列的格式中。
可用性
源代码可从GNU Public Licence, version 2下的https://www.mdanalysis.org获得，以及online documentation。包可从 https://pypi.org/project/MDAnalysis/或通过pypi安装/升级，使用pip：
pip install --upgrade MDAnalysis
默认情况下，mdanalysis不会安装运行 分析模块中提供的分析或读取netcdfAmber轨迹。 要安装和更新这些依赖项，请运行
pip install --upgrade 'MDAnalysis[analysis,AMBER]
请通过Issue Tracker报告错误或增强请求。也可以在mdnalysis-discussion mailing list上提问。
为了运行Unit Tests，还需要安装 包含测试和测试的单独包MDAnalysisTests 数据。因为它包含大约70MB的分子动力学轨迹 以及仿真系统结构它不包含在库中 本身。
引文
在已发表的工作中使用mdanalysis时，请引用以下内容 两篇论文：
- R.J.Gowers，M.Linke，J.Barnoud，T.J.E.Reddy， M.N.梅洛，S.L.塞勒，D.L.多森，J.多曼斯基， S.Buchoux，I.M.Kenney和O.Beckstein。MDanalysis公司： 用于分子快速分析的python软件包 动力学模拟。在S.Benthall和S.Rostrup， 编者，科学界第15届Python会议录 会议，第102-109页，德克萨斯州奥斯汀，2016年。希比。
- N.Michaud Agrawal，E.J.Denning，T.B.Woolf， 还有O.贝克斯坦。mdanalysis：分子分析工具 动力学模拟。j.计算机。化学。32（2011年），第2319-2327页。 doi:10.1002/jcc.21787
有关包含的算法和子模块的引用，请参见references。
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