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关于gromacs 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我想知道是否有可能，以及如何在远程（而不是在我的机器上）托管Jupyter笔记本页面，协作者可以将其加载到web浏览器中以查看结果？没有共享机器，所有文件都需要位于一个中心位置，例如，托管在Googl ...
已阅读: n次
我有一个数据文件，看起来像：：
# GROMACS
#
@ title "GROMACS Energies"
@ xaxis label "Time (ps)"
@ yaxis ...
已阅读: n次
我希望使用多处理在同一时间点在不同目录中运行某个进程，并在进程之间平均分配线程
我已经编写了一些函数来汇集工作，但我不清楚应该如何开始
import os
import glob
from multi ...
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最新项目
biobb-wf-u突变
简介
溶菌酶+突变工作流基于官方gromacs教程使用biobb构建：http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/01_pdb2gmx. ...
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支持使用Gromacs 4+进行QM/MM建模的工具 ...
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lsdmap包用于计算局部标度扩散图。>典型用法是调用"lsdmap"脚本：lsdmap-f<；配置文件>；-c<；结构文件>；<；其他配置选项>；>或使用mpi： ...
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panedr读取gromacs edr文件并将其内容作为pandas返回
数据帧。库公开了一个函数edr_to_df
获取EDR文件路径并返回pandas的函数
数据帧。
panedr与Python ...
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基于[gromacs]（http://www.gromacs.org/）、[mdanalysis]（http://www.mdanalysis.org/）和[vmd]（http://www.ks.ui ...
已阅读: n次
在DCI上运行大容量Gromacs任务的库。
此包Python名称：radical.ensemblemd.ensembleapi
目前版本： rad ...
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请参见http://github.com/resal81/pytopol
历史记录
0.1.6（2013-09-23）
Gromacs拓扑分析功能。
0.1.5（2013-09-17）
...
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需要软件1。python version>；=2.7sudo apt get install python python setuptools python dev python augeas ...
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#二聚体
—
这是一个工具，可以将标准的gromacs输入转换为二元输入。
[Gromacs]（http://www.gromacs.org/）是一种流行的蛋白质模拟工具。
此脚本允许使用[dimer ...
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gromacs脚本框架
此包Python名称：gmxscript
目前版本： gmxscript 10
最后维护时间：Jun 29, ...
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sumndx—gromacs索引文件的快速摘要
给定一个gromacs索引文件，sumndx显示组的名称和大小。
程序将索引文件的路径作为参数。如果没有参数是
提供，然后从标准输入读取文件。
用法
...
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Pytrr
pytrr是一个python包，用于从gromacs[2]读取.trr[1]文件。
pytrr是一个轻量级的纯python库，用于读取.trr
轨迹和它提供了位置，速度等。
作为nu ...
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扣环
gromacs_py是一个python库，允许简化使用gromacs md仿真软件。gromacs_py可以基于pdb文件构建topologie，创建模拟系统（box、add wate ...
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gromacs脚本框架
此包Python名称：gmx-script
目前版本： gmx-script 1
最后维护时间：May 3, ...
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品达
PIP可安装的停靠应用程序
pinda设计用于交付具有相同用户界面的软件包的停靠版本。
如果以传统方式安装软件包，则尽可能提供什么。
例如，要安装Gromacs 2019版：
% pinda i ...
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MDAnalysis是一个面向对象的python工具包，用于分析分子
由CHARMM，Gromacs，Amber，NAMD，
或者LAMMPS；它还读取其他格式（例如PDB文件和XYZ
format ...
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围绕Gromacs工具的原始python包装器。图书馆是
使用Gromacs 4.6.5、2018.x、2019.x（和2016.x也适用）和
使用Python2.7和3.6进行测试。
gromac ...
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带有python的gromacs的gmxapi包
此包Python名称：gmxapi
目前版本： gmxapi 0.0.0
最后维护 ...
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Gromacs绑定包
此包Python名称：gromacs
目前版本： gromacs 0.0.0
最后维护时间：Jan 14, 2 ...
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带有python的gromacs的gmx包
此包Python名称：gmx
目前版本： gmx 0.0.0
最后维护时间：Jan 14 ...
已阅读: n次
