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Python mdanalysis
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关于mdanalysis 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我试图安装一个Python包名MDAnalysis，它需要numpy。
问题是python的默认路径是
/System/Library/Frameworks/Python.framework/V ...
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我安装了MDAnalysis包，这是一个面向对象的Python库，用于分析分子动力学（MD）模拟的轨迹。
但是，如果我以sublime文本打开.py文件，其中的代码是用python编写的，其头/起始行 ...
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在看过documentation几次并花了几个小时尝试各种想法之后，我决定我需要一个帮手。我正在编写Python软件，通过NAMD模拟RADA蛋白质，计算出我们感兴趣的不同值。在
目前，我的代码逐步执 ...
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我想知道是否有可能，以及如何在远程（而不是在我的机器上）托管Jupyter笔记本页面，协作者可以将其加载到web浏览器中以查看结果？没有共享机器，所有文件都需要位于一个中心位置，例如，托管在Googl ...
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以下是输出：
Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/e1/37/c617b7de13cc506f75cbb6b88949f5ca ...
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我试图制作一个包含dcd文件中水分子时间序列数据的文件。是否可以使用任何MDAnalysis模块或函数生成此数据？或者是否有任何python脚本生成此文件
我需要通过使用DCD文件作为输入来生成包含两 ...
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我正在GROMOS54a7中运行一个简单的苯模拟。
我想用MDAnalysis 1.0.0计算每个苯分子质心的RDF
这可能吗？我在Jupyter笔记本中使用以下代码为C分子g_cc（r）创建了rdf ...
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是否可以关闭或卸载MDAnalysis模块中的宇宙？
我在MDAnalysis页面上没有找到任何这样的函数
我想用另一个模块修改轨迹，然后在MDAnalysis中再次加载它，但得到以下结果：
File ...
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我正在尝试在Google Colaboratory上安装和导入MDAnalysis和MDAnalysisTests库，我尝试了三种方法，但都无效：
使用默认值：！pip安装库
!pip insta ...
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我想使用MDAnalysis从我的分子动力学轨迹（xtc文件）中提取一条链。我希望它是非常简单的，但发生了一个错误，我不知道为什么我得到它。
代码如下：
import MDAnalysis as md ...
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我在pytest中使用filterwarnings时出现了一个奇怪的错误。我正在尝试筛选在MDAnalysis上引发的警告。目前我有以下配置。你知道吗
[tool:pytest]
filterwarn ...
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我有一个数组，tpcs，形状（150017，5）是由MDAnalysis.pca.transform转换(). 我试着把它作为一个轨迹来可视化。我试过：
u = mda.Universe(trjpa ...
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最新项目
随着计算能力的增强，现在有可能产生数百个
分子动力学模拟轨道长度变化很大，
系统大小、组成、启动条件等参数。管理
这种复杂性使得允许使用数据来回答科学问题。
问题本身已经成为一个瓶颈。mdsynth ...
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基于[gromacs]（http://www.gromacs.org/）、[mdanalysis]（http://www.mdanalysis.org/）和[vmd]（http://www.ks.ui ...
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准备使用分析和构建块编写并行分析算法
将MDAnalysis与dask一起使用。
警告
此项目是alpha软件，不稳定的api。它会而且
应该快速发展以测试不同的实现方法
以无缝直观的方式进行并行 ...
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mdanalysisdata
为研讨会和mdanalysis的扩展测试访问数据。
数据集存储在外部稳定的url中（例如
figshare，zenodo，或
DataDryad）这个包提供了 ...
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MDAnalysis是一个分析分子动力学的Python工具包
由charmm、amber、namd、lammps或gromacs生成的轨迹。
注意
这个包只包含unittests和数据
在MDAn ...
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MDAnalysis是一个面向对象的python工具包，用于分析分子
由CHARMM，Gromacs，Amber，NAMD，
或者LAMMPS；它还读取其他格式（例如PDB文件和XYZ
format ...
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