intervene 0.6.4

干预

a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets

文件

有不同格式的详细文档：HTMLPDFePUB

使用conda快速安装

conda install -c bioconda intervene

这将安装所有依赖项，您可以使用intervene。

使用pip安装

可以使用pip从pypi安装intervenate。

从pypi安装：

pip install intervene

注意：如果使用pip安装，请确保安装下面列出的bedtools和r包。

intervene需要以下python模块和r包：

• Python (=> 2.7 ): https://www.python.org/
• BedTools (Latest version): https://github.com/arq5x/bedtools2
• pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
• Pandas (>= 0.16.0): http://pandas.pydata.org/
• Seaborn (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
• R (>= 3.0): https://www.r-project.org/
• R packages including UpSetR, corrplot

安装床具

我们正在使用pybedtools，它是bedtools的python包装器。因此，在使用干预前，应安装床具。建议您安装最新版本，但如果您已经安装了较旧的版本，应该没问题。

一个快速安装，如果你有康达安装。

conda install -c bioconda bedtools

请阅读https://github.com/arq5x/bedtools2上的说明来安装bedtools，并确保它位于您的路径上，并且您可以从任何目录调用bedtools。

安装所需的R软件包

intervene需要三个r包，UpSetR，corrplot用于可视化，Cairo用于生成高质量的矢量和位图图形。

install.packages(c("UpSetR","corrplot","Cairo"))

从Bitbucket安装开发版本

如果您已经安装了git，请使用这个：

git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

从github安装开发版本

如果您已经安装了git，请使用这个：

git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install

如何使用intervene

安装intervene后，您可以键入：

intervene --help

这将显示以下帮助消息。

usage: intervene <subcommand> [options]

positional arguments <subcommand>:
  {venn,upset,pairwise}
                        List of subcommands
    venn                Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
    upset               UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
    pairwise            Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in <BED/GTF/GFF> format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -v, --version         show program's version number and exit

要查看这三个子命令的帮助pairwise、venn和upset类型：

intervene pairwise --help

intervene venn --help

intervene upset --help

对测试数据运行intervene

要使用示例数据运行intervene，请使用以下命令。要访问测试数据，请确保有sudo或root访问权限。

intervene pairwise --test

intervene venn --test

intervene upset --test

如果已从源代码本地安装intervente，则可能无法找到测试数据。您可以在这里下载测试数据https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data，并使用-i而不是--test指向它。

./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/*.bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/*.bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/*.bed

上述三个测试命令将生成以下三个图（A、B和C）。

默认情况下，您的结果将与名为Intervene_results的文件夹一起存储在当前工作目录中。如果要将结果保存到特定文件夹中，可以键入：

intervene upset --test --output ~/path/to/your/folder