Python寻找最长的ORF有人能给我一个简单的方法来计算最长的开放阅读框(ORF)>;DNA序列的长度是30个碱基?ATG是起始密码子(即ORF的开始),TAG、TGA和TAA是终止密码子(即ORF的结束)。没有使用生物 ...2024-05-16 已阅读: n次
我该如何解析一个包含数千个DNA碱基的文本文件?这是我要做的,我会有一个由一堆dna碱基(a,T,C,G)组成的大量文本文件,我想做的是每60个字符(任意)取一行,这样碱基就可以被分块。但是,我也希望每个区块有一定数量的碱基重叠。例如,如果给出了这 ...2024-05-16 已阅读: n次
在三个不同的框架下阅读所以我尝试创建一个类,它在三个不同的帧中读取DNA字符串-一个从位置0(或第一个碱基)开始,另一个从位置1(第二个碱基)开始,第三个从位置2(第三个碱基)开始读取。到目前为止,这就是我一直在玩的东西: ...2024-05-16 已阅读: n次
如何在Python上用nolearn/lasagne/theano同时训练多个神经网络?我正在写一个校准管道来学习神经网络的超参数来检测DNA序列的特性。因此,这需要在具有不同超参数的同一数据集中训练大量模型。在 我正在尝试优化这个在GPU上运行。与图像数据集相比,DNA序列数据集非常小 ...2024-05-16 已阅读: n次
Python中对数计算的基数会影响速度吗?我必须在一个程序中使用大量的对数运算。就对数基数而言,程序并不具体。我在想,如果有碱基n(2?10个?是吗?)在python3.5math模块中比其他模块更快,因为可能在幕后所有其他的基a都被转换成{ ...2024-05-16 已阅读: n次
python函数用来解决这个问题是什么[H6-4](基因.py)编写一个从用户读取字符串的程序。这个字符串将一个DNA分子表示为字母a、C、G和T的序列,每个字母代表一个不同的碱基。然后确定它是否代表一个潜在基因,如果它满足以下4部分密码 ...2024-05-16 已阅读: n次
fasta-fi中的分割序列我使用fasta文件格式,我只想从中提取序列,而不需要ids,然后分割序列,我编写以下代码 outfile=open('output.txt','r') for line in ope ...2024-05-16 已阅读: n次
寻找DNA序列的补体我得把DNA序列的补体转换成氨基酸 TTTCAATACTAGCATGACCAAAGTGGGAACCCCCTTACGTAGCATGACCCATATATATATATATA TATATATATATATATG ...2024-05-16 已阅读: n次
创建包含元素的新列表所以我想在python程序中实现的是,输入任何碱基与其他无关字符混合的DNA序列,输出一个只有碱基的链,大写。这是我到目前为止一直在写的代码-我是python新手,所以我不知道为什么这个程序不能工作。 ...2024-05-16 已阅读: n次
三维张量的topk分类精度Keras问题我对keras中的topk分类精度度量有问题。我正在训练基因组数据,大约有10000个个体,每个个体有4000个核苷酸,可以是四个碱基中的一个,所以它们是热编码的。输出是相似的,但不是四个基地,有三个 ...2024-05-16 已阅读: n次
DNA序列计数的元组到表我想计算DNA序列中碱基的数目,返回序列中每种碱基的计数,同时打印出一个两列的表,其中第一列是碱基,第二列是相关的碱基计数。我可以让函数返回基计数,但我不知道如何打印表。我想用基本的python函数来 ...2024-05-16 已阅读: n次
DNA链序列的碱基计数 如何用python编写一段代码,读取DNA序列链并返回它的重复碱基列表,描述这三件事:哪个是碱基(AGTC),它在链中的位置以及重复的次数。例如: ACTTTTGTCTAAACCCCGTCCTA ...2024-05-16 已阅读: n次
dnacol彩色DNA/RNA碱基、蛋白质氨基酸编码和最终输出的质量分数 关于 这是一个python脚本,用于给终端中的dna、rna和蛋白质序列上色。 如果使用dnacol调用,它将从stdin或文件中读取行 ...2024-05-16 已阅读: n次
CPPCleanBear 在C++源代码中发现问题,在大代码中减慢开发速度 碱基。这包括在其他特性中查找未使用的代码 有关可用例程的详细信息,请访问 <;https://github.com/myint/cppclea ...2024-05-16 已阅读: n次
asTairastair是处理dna修饰测序数据的工具链。astair主要用于处理tet辅助吡啶硼烷(taps)测序输出,但也包含对亚硫酸氢盐测序(bs)数据有用的功能。 基本用法 <H2>0。安装 通过pip ...2024-05-16 已阅读: n次