处理基因注释文件的python程序

annot-utils的Python项目详细描述


不能使用

Build StatusLicense: GPL v3PyPI

简介

annot_utils是一个生成tabix索引注释文件的软件,可以由y.s共享。 目前,该软件只支持hg19(grch37)、hg38(grch38)和mm10(grcm38)的注释性文件。

依赖性

python包

pkg_resources

软件

hstlib

安装

annot_utils可通过pypi获得。 要安装,请键入:

pip install annot_utils 

当您不是根用户时,您可能需要键入:

pip install annot_utils --user

或者,从源代码安装:

wget https://github.com/friend1ws/annot_utils/archive/v0.2.0.tar.gz
tar xzvf v0.3.0.tar.gz 
cd annot_utils-0.3.0
python setup.py build install --user

这个包已经在Python2.7、3.5、3.6上测试过了。

更新数据库

目前,annot_utils已经在安装时存储了来自UCSC genome browser和其他几个源的注释文件。 如果要更新注释文件:

cd annot_utils/resource
bash prep_data.sh

然后,从源代码安装软件。

命令

基因

生成由Tabix索引的基因注释床蝇。

annot_utils gene [-h] 
                 [--gene_model {refseq,gencode}] [--grc]
                 [--genome_id {hg19,hg38,mm10}] [--add_ref_id]
                 gene.bed.gz

外显子

生成由tabix索引的外显子注释bed flies。

annot_utils exon [-h] 
                 [--gene_model {refseq,gencode}] [--grc]
                 [--genome_id {hg19,hg38,mm10}] [--add_ref_id]
                 exon.bed.gz

编码

生成区域性(编码、内含子、5'utr、3'utr等)注释,并用tabix索引。

annot_utils coding [-h] 
                   [--gene_model {refseq,gencode}] [--grc]
                   [--genome_id {hg19,hg38,mm10}] [--add_ref_id]
                   coding.bed.gz

交界处

生成由tabix索引的带注释的拼接连接床文件。

annot_utils junction
usage: annot_utils junction [-h] 
                            [--gene_model {refseq,gencode}] [--grc]
                            [--genome_id {hg19,hg38,mm10}] [--add_ref_id]
                            junction.bed.gz

边界

用tabix生成外显子-内含子边界注释文件索引。

annot_utils boundary [-h] 
                     [--genome_id {hg19,hg38,mm10}] [--grc]
                     [--donor_size donor_size]
                     [--acceptor_size acceptor_size]
                     boudary.bed.gz

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