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Python protein
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关于protein 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我正在处理包含多个列的制表符分隔的文件。每列包含3000多条记录。在
Column1 Column2 Column3 Column4
1000041 11657 Gen ...
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基本上输入文件如下：
>U51677 Human non-histone chromatin protein HMG1 (HMG1) gene, complete
cds. ...
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我在mac 10.7.5上使用python 2,7.5，beautifulsoup 4.2.1。我将使用lxml库解析xml页面，如beautifulsoup教程中所述。但是，当我运行代码时，它显示
...
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以下是食品及其营养成分的数据框架：
import pandas as pd
import os
os.chdir('D:\\userdata\\adbharga\\Desktop\\AVA\\RTes ...
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我有一个txt文件，我正在试图计数的具体字符出现的行。这是我目前正在尝试的代码和我收到的结果。当我在没有文件的情况下使用相同的代码并将部分数据添加为字符串时，我得到了预期的结果。
文本文件=“ADSF ...
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我使用spacy是为了从它的依赖项解析中获益，我在使spcay标记器标记我添加的新词汇时遇到了麻烦。
这是我的代码：
nlp = spacy.load("en_core_web_md")
nlp.v ...
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我一直在尝试创建一个程序来计算和记录某些食物中所含的卡路里，我有一个名为“Food”的类，我想通过用户输入创建实例。我已经做了大量的搜索，但还没有找到任何可以这样做的方法。在
目前，我已经通过创建一个 ...
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我有一个类似以下结构的数据帧：
NDB_No Shrt_Desc Water_(g) Energ_Kcal Protein_(g) ...
01001 BUTTER,WITH S ...
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我没有错。始终刷新缓存和本地内存
用于验证翻译的资源：
[NCBI蛋白质翻译工具][1]（验证）
[文本比较][2]（验证）
[解决方案][3]
300个DNA字符->；100蛋白焦
# dn ...
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我想用NetworkX或多或少地复制下面的图（摘自F.Crick，Nature 227561（1970））：
我可以使用MultiDiGraph复制底层图形：
import networkx as ...
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我试图修改以下程序如下：
第一行包含蛋白质的名称以及该蛋白质后续输出行的计数（例如N）
接下来的N行中的每一行都包含一个匹配信息：GBoxes的位置和实际的匹配（请记住，允许有扰动和X，即通配符）。 ...
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我正在尝试做一些相当简单的事情，但是在按我想要的方式对列进行分组时遇到了问题。这是我的数据帧-
food_form protein fat carb
0 food1 28. ...
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最新项目
Pyrepr
为人类打印可序列化的对象。这是基于Markdownify和TOML。
用法
from pyrepr import Repr
print(Repr(obj))
示例输出：
[[mid]] ...
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isovar
概述
python api
命令行
内部设计
其他isovar命令行工具
排序建议
概述
isovar根据癌症rnaseq数据确定突变前后的突变蛋白亚序列。
iso ...
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展开蛋白质
展开蛋白是一套控制速度钳制的工具
分子力谱。它使用pyafm包作为低级别
AFM控制。此包包含高级实验控件
逻辑。
套餐
gentoo
我已经为Gentoo包装了Pyafm。你需要l ...
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说明蛋白质-配体相互作用
此包Python名称：lintools
目前版本： lintools 0.1b0
最后维护时间：Mar 1 ...
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scavager-蛋白质组学搜索后验证工具
脚本的基本操作需要.pep.xml或.mzid文件。当前支持的搜索引擎：
身份，X！串联，彗星，msfragger，msgf+，睡眠。
.fasta文件用于 ...
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蛋白质估计器
Overview
Installation
Usage
predict_protein_abundances
predict_phospho
Value
Note
概述
我们提 ...
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用于Jupyter笔记本的蛇形管道，产生交互式
管道报告如下：
安装和一般说明
现在仍然是这个软件的早期，所以请记住
它还没有准备好生产。注：为了简单起见，我假设
您正在使用最近安装了git的ub ...
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tests
package
使用primers4clades网站从fasta文件设计引物
免费软件：BSD许可证
安装
pip install prim ...
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pisnrs
pisnrs是一个用于潜在抑制剂和支架预测的python模块。
在rdkit，scikit learn的基础上构建的核受体
在麻省理工学院的执照下。
安装
目前，PISNRS需要以下依赖 ...
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蛋白质组
一个简单的python库，用于处理uniprot，universal protein resource。
安装
pip install proteo
用法
from proteo.unip ...
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公共物品中蛋白质-蛋白质相互作用提取剂
此包Python名称：ppaxe
目前版本： ppaxe 1.2
最后维护时间：Mar 22 ...
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python包从蛋白质对相互作用重建蛋白质复合物。
此包Python名称：protcomp
目前版本： protcomp 2.0
最 ...
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aggrescan3d-蛋白质聚集分析独立应用程序
此包Python名称：Aggrescan3D
目前版本： Aggrescan3D 1.0.2
...
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用于建模和分析蛋白质-蛋白质相互作用的python脚本集
此包Python名称：modpin
目前版本： modpin 1.1.0
...
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django蛋白质储存和操作工具
此包Python名称：dj-bioinformatics-protein
目前版本： dj-bioinformat ...
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