primer_designer 0.2.0

安装

pip install primer_designer

用法

它将发送一个fasta对齐到primers4clades以便设计 退化引物。所需的输入数据是fasta格式的对齐 至少包含4个序列。 建议每个fasta序列描述的开头 包含方括号之间的分类单元名称。

参数：

• 文件夹（str）：包含fasta文件对齐的文件夹的路径
• TM（str）：温度
• 最小振幅（str）：最小振幅长度
• 最大放大倍数（STR）：最大放大倍数长度
• gencode（str）：遗传密码。有关所有可用的遗传代码，请参见下文
• clustype（str）：簇距离度量：dna，protein。
• amptype（str）：用于估计系统发育信息的替代模型
• 电子邮件（str）：您的电子邮件地址，以便Primer4客户可以向您发送包含详细结果的电子邮件

示例：

>>># The values shown are the default. Change them if needed.>>>fromprimer_designerimportPrimerDesigner>>>pd=PrimerDesigner()>>>pd.folder="alignments"# folder containing the FASTA file alignments>>>pd.tm="55"# annealing temperature>>>pd.min_amplength="250"# minimum amplicon length>>>pd.max_amplength="500"# maximum amplicon length>>>pd.gencode="universal"# see below for all available genetic codes>>>pd.mode="primers">>>pd.clustype="dna">>>pd.amptype="dna_GTRG"# substitution model used to estimate phylogenetic information>>>pd.email="youremail@email.com"# primer4clades will send you an email with very detailed results>>>pd.design_primers()

最好的底漆对将打印到您的屏幕上。详细结果将 在“路线”文件夹中保存为HTML文件。但如果 你也可以通过电子邮件得到结果。primers4clades将向您发送一封电子邮件 每一条路线。 遗传代码表（变量gencode）可以是以下任一项：

• universal用于标准
• 2用于脊椎动物线粒体
• 3用于酵母线粒体
• 4用于霉菌和原生动物线粒体
• 5用于无脊椎动物线粒体
• 6用于纤毛虫
• 9用于棘皮动物和扁形虫
• 10用于euplotid nuclear
• 11用于细菌和质体
• 12用于替代酵母核
• 13用于腹水线粒体
• 14用于扁虫线粒体
• 15用于眼睑核
• 16用于叶绿体线粒体
• 21用于线粒体吸虫
• 22用于线粒体斜生栅藻
• 23用于线粒体色雷斯托希特区

进化替代模型可以是以下任何一种（变量amptype）：

• protein_WAGG用于蛋白质wag+g
• protein_JTTG表示蛋白质jtt+g
• protein_Blosum62G用于蛋白质blosum62+g
• protein_VTG表示蛋白质vt+g
• protein_DayhoffG用于蛋白质日粮+g
• protein_MtREVG用于蛋白质mtrev+g
• dna_HKYG用于dna hky+g
• dna_GTRG用于dna gtr+g
• dna_K80G用于dna k80+g
• dna_TrNG用于dna trn+g
• dna_JC69G用于dna jc69+g

文档

https://primer-designer.readthedocs.org/

开发

要运行所有测试，请运行：

tox