用NetworkX/PyGraphviz绘制多重图：节点/边位置的微调

Question

我想用NetworkX或多或少地复制下面的图（摘自F.Crick，Nature 227561（1970））：

我可以使用MultiDiGraph复制底层图形：

import networkx as nx

g = nx.MultiDiGraph()
weakEdges = [('RNA', 'DNA'), ('RNA', 'RNA'), ('RNA', 'protein')]
strongEdges = [('DNA', 'DNA'), ('DNA', 'RNA'), ('DNA', 'protein')]
g.add_edges_from(weakEdges)
g.add_edges_from(strongEdges)

但显然，内置的matplotlib绘图不支持并行边，因为这是正确的多重图所需要的。在

另一方面，我可以将g转换为PyGraphvizAGraph，并绘制出：

^{pr2}$

这与我想要的非常接近，但我很难弄清楚一些更精细的细节：

• 使用circo布局，是否可以将“DNA”节点置于图的顶部？如果没有，如何控制每个节点的绝对位置？

• 如何调整自身边缘（例如“DNA”->；“DNA”边缘）的位置，使其更接近原始图形中的边缘？

Answer 1

一个简单的Graphviz/dot语法的小设置（将其输入http://www.webgraphviz.com/并可以看到结果）：

digraph X {
{rank=same; RNA Protein}
DNA -> RNA
DNA -> Protein
Protein -> RNA
DNA:n -> DNA:n
}

基本部件如下：

• :n获取阵列的位置（其他可能是其他风向，包括:nw）。在
• rank=same;在一行中对齐提到的节点