unfold-protein 0.2

展开蛋白质

展开蛋白是一套控制速度钳制的工具 分子力谱。它使用pyafm包作为低级别 AFM控制。此包包含高级实验控件 逻辑。

套餐

gentoo

我已经为Gentoo包装了Pyafm。你需要layman和我的wtk overlay。安装时使用：

# emerge -av app-portage/layman
# layman --add wtk
# emerge -av sci-physics/unfold-protein

依赖关系

展开蛋白质需要以下python模块：

• Pyafm
• Pypiezo（直接需要，通过pyafm）
• H5config（直接需要，并通过pyafm）
• h5py（直接需要，并通过h5config）
• Matplotlib
• NumPy

获取源

展开蛋白作为Git储存库提供：

$ git clone git://tremily.us/unfold-protein.git

也有定期的捆绑发行。例如，获取版本 0.2作为一个带gzip的皮球，带有：

$ wget 'http://git.tremily.us/?p=unfold-protein.git;a=snapshot;h=v0.2;sf=tgz'
$ tar -xzvf unfold-protein-0.2.tar.gz

安装

下载后，切换到源目录并运行：

$ python setup.py install

安装展开蛋白。运行：

$ python setup.py install --help

查看可能要配置的安装选项列表。

用法

unfold.py脚本在 扫描牵引速度和接触位置。它有一些 命令行选项；获取详细信息：

$ unfold.py --help

您可以使用h5config配置展开和扫描行为。 配置存储在~/.config/unfold-default.yaml中。到 在调整此配置文件之前，应先设置其种子 pyafm（如其README中所述）。然后运行：

>>> import unfold_protein.storage as storage
>>> config = storage.get_default_config()
>>> storage.save_scan_config(config=config)

使用默认设置创建配置。那YAML 语法是纯文本，可以根据需要进行编辑。未来运行 第unfold.py（和调用 unfold_protein.storage.load_scanner()）将加载此 默认配置。

unfold.py将每个展开拉取保存在其自己的时间戳文件中 使用展开数据和用于 获得它。您可以配置这些文件所在的目录 与unfold/save/base directory设置一起存储。你可以 使用plot-unfold.py将保存的展开数据转换为PNGs。 例如：

$ plot-unfold.py ~/rsrch/data/unfold/*.h5

对于更详细的分析，您可能需要使用Hooke。你也可以 想用calibcant校准AFM悬臂的弯曲度 弹簧常数。