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Python ensembl
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关于ensembl 相关联的Python项目和问题：
最新问答
有没有可能用自由形式的搜索词以编程的方式（最好是python）查询所有的Ensembl，类似于从他们的web用户界面所做的事情？restapi似乎根本不支持搜索词查询，其他直接与MySQL数据库交互的 ...
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注意：这是一个关于SQL炼金术的表达式语言的问题，而不是ORM
对于向现有查询添加WHERE或HAVING子句，SQL炼金术很好：
q = select([bmt_gene.c.id]).select ...
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目标是编写一个函数get_mapping（map_file），其唯一参数map_file是包含ID的文件名。因此，在我们的示例中，map_文件将是“mapping/rno.map”、“mapping/ ...
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我有一个GTF文件，我试图分析，这样“基因id”、“基因类型”、“基因状态”、“基因名称”和水平都在单独的列中。在
因此，对于我的原始文件：
chr1 | ENSEMBL gene| 17369 ...
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我试图从ensembl运行这个脚本restapi.py，但它在下面生成了这个错误。请帮我修一下
重新启动pi.py
import requests, sys
server = "http://grc ...
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我有一个.txt，里面有这样的数据：
Header:ensembl gene ID|Ensembl Transcript ID|CDS start|CDS end|5'UTR start|5'UTR ...
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我有两个大的列表，比如下面两个例子（大的和小的）：
big = [['chr1', 'ENSEMBL', 'exon', '12595', '12721', '.', '+', '.', 'gene_ ...
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我有一个CSV文件，其中df1中的column1（ensembl_gene_id）和df2中的column1（gene1）在几行中具有相同的值。我想合并具有相同值的df1（column1）和df2（c ...
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从XML树中获得精确的第二个值的过程是什么？你知道吗
<Dbtag>
<Dbtag_db>HGNC</Dbtag_db>
<Dbtag_tag ...
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我有一个1D字符串数组（gene_name_list）。我需要在另一个2D数组（fully_split）中找到第一个数组的每个字符串所在的行。我当然可以用暴力来解决：
longest_gene_nam ...
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我决定使用Pandas来进行一些数据分析，并使用使用使用sqlite3语法的组合sqldf库。问题是我遇到了一个无法形容的错误。但我假设我的sql语法不清楚。在
错误：
Error on sql S ...
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我使用ftplib连接到一个数据库，如下所示。在
import ftplib
sitename = 'ftp.ensembl.org'
connection = ftplib.FTP(sitename ...
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最新项目
将uniprot、hgnc和ensembl转录本id转换为entrez基因id。同时，将登录号转换为分类法id
此包Python名称：pyEntrezId
...
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一个简单的python biomart接口。
pybiomart的目的是为biomart提供一个简单的接口，该接口可用于从python轻松查询biomart数据库。从这个意义上说，pybiomar ...
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***************区域分析********这是一个实用的注释基因组间隔，如芯片序列的峰值列表或基因组研究的其他间隔列表。现在它支持人类（hg19）、老鼠（mm9、mm10）和老鼠（rn4） ...
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Pyensembl
pyensembl是一个python接口，用于引用基因组元数据，如外显子和转录本。pyensembl从ensembl ftp服务器下载gtf和fasta文件并将其 ...
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mbf_gtf
可能是附近的fastes ensembl gtf解析器
（在我的系统上大约10秒内读取1GB人类GTF）。
用法：mbf_gtf.parse_ensembl_gtf（“filename ...
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enstag将可能不明确和长的ensembl登录id转换为
较短的“enstags”。 ...
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简短描述：
pygeno由Tariq Daouda在免疫学和癌症研究所开发。
使用pygeno，您可以做到：
from pyGeno.Genome import *
#load a genome
...
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概述
We want an extremely fast, lightweight way to access in bulk data stored in Ensembl databases
...
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许可证
PyensEmblRest—Ensembl Rest API的包装器
版权所有（c）2013-2016，Steve Moss
...
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ENSEMBL休息
与ensemblrestapi的python接口。全世界的生物数据
在你的指尖。
Ensembl database包含
参考几乎所有生物体的生物数据。现在很容易
通过rest ...
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Ensembl Rest API客户端
此包Python名称：ensembl
目前版本： ensembl 0.0.0
最后维护时间： ...
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