Ensembl格式GTF文件到Pandas数据帧的快速解析器
mbf_gtf的Python项目详细描述
mbf_gtf
可能是附近的fastes ensembl gtf解析器 （在我的系统上大约10秒内读取1GB人类GTF）。
用法：mbf_gtf.parse_ensembl_gtf（“filename.gtf”，[]）->；数据帧的指令
该文件可以用gzip压缩，然后必须以“.gz”结尾。
第二个参数可能是要检索的“功能”列表-获取 仅仅一个子集就可以极大地提高性能。
请注意，这是非常具体的集成，它不涉及任何其他GTF 格式化，并丢弃在子元素上重复的属性- 即外显子只有基因id，没有基因名，基因版本，基因……
得到的坐标是pythonic，即从0开始（即从 gtf中的值）。
这是生物信息图书馆的mbf家族的一部分。
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