查询Ensemb

Question

有没有可能用自由形式的搜索词以编程的方式（最好是python）查询所有的Ensembl，类似于从他们的web用户界面所做的事情？restapi似乎根本不支持搜索词查询，其他直接与MySQL数据库交互的API，比如PyCogent，一次只能查询一个物种（考虑到公共MySQL数据库的结构，这是有意义的，但意味着向服务器发送40多个搜索所有物种的请求……）。你知道吗

我真正想要的是能够做到以下几点：

session = Connect(Ensembl)
matches_list = session.search("MyPetGene")

我怀疑这是不可能的，但我想在破解更复杂的东西之前，我会把它扔进互联网的集体大脑。你知道吗

Answer 1

正在使用pymysql进行查询。。。这是一个代码示例，供希望查询ensembl数据库的人使用。我很感激这并不能直接回答你的问题，但是ensembl模式被分成了不同的种类参见https://www.ensembl.org/info/docs/api/core/core_schema.html

import pymysql

db = pymysql.connect("ensembldb.ensembl.org","anonymous","","homo_sapiens_core_95_38" )
cursor = db.cursor()
cursor.execute("select * from gene limit 200;")
myresults = cursor.fetchall()
for x in myresults:
    print(*x)
cursor.close()
db.close()