一个简单的与biomart的pythonic接口。
pybiomart的Python项目详细描述
一个简单的python biomart接口。
pybiomart的目的是为biomart提供一个简单的接口，该接口可用于从python轻松查询biomart数据库。从这个意义上说，pybiomart旨在提供类似于biomart（提供从r访问biomart）等包的功能。
示例
使用服务器接口检索和查询数据集：
frompybiomartimportServerserver=Server(host='http://www.ensembl.org')dataset=(server.marts['ENSEMBL_MART_ENSEMBL'].datasets['hsapiens_gene_ensembl'])dataset.query(attributes=['ensembl_gene_id','external_gene_name'],filters={'chromosome_name':['1','2']})
直接检索具有已知数据集名称的数据集：
frompybiomartimportDatasetdataset=Dataset(name='hsapiens_gene_ensembl',host='http://www.ensembl.org')dataset.query(attributes=['ensembl_gene_id','external_gene_name'],filters={'chromosome_name':['1','2']})
许可证
在麻省理工学院的许可下发布。
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