Ensembl Rest API的接口，指尖的生物数据。
ensembl-rest的Python项目详细描述
ENSEMBL休息
与ensemblrestapi的python接口。全世界的生物数据 在你的指尖。
Ensembl database包含 参考几乎所有生物体的生物数据。现在很容易 通过rest api以编程方式访问这些数据。
Ensembl Rest API终结点的完整列表，以及 端点特定的文档可以在their website上找到。
这个库还包括一些构建在api之上的实用程序，这些api旨在 轻松使用它们，包括AssemblyMapper类 这有助于不同基因组组合之间的转换。
这个项目使用RESTEasy中的代码， 这让我的生活轻松多了。谢谢！
示例
库导出指向 API，例如：
>>>importensembl_rest>>>ensembl_rest.symbol_lookup(species='homo sapiens',symbol='BRCA2')
{ 'species': 'human',
'object_type': 'Gene',
'description': 'BRCA2, DNA repair associated [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1101]',
'assembly_name': 'GRCh38',
'end': 32400266,
...
...
...
'seq_region_name': '13',
'strand': 1,
'id': 'ENSG00000139618',
'start': 32315474}
所有端点都列在API website上。 可以通过调用模块上的“帮助”来快速查找方法：
>>>help(ensembl_rest)
如果要使用API website中登记的端点，请说GET lookup/symbol/:species/:symbol， 相应方法的名称在端点文档url中， 在本例中，文档链接到 http://rest.ensembl.org/documentation/info/symbol_lookup所以 对应的方法名是symbol_lookup。
>>>help(ensembl_rest.symbol_lookup)
Help on function symbol_lookup in module ensembl_rest:
symbol_lookup(*args, **kwargs)
Lookup ``GET lookup/symbol/:species/:symbol``
Find the species and database for a symbol in a linked external database
**Parameters**
- Required:
+ **Name**: species
+ *Type*: String
+ *Description*: Species name/alias
+ *Default*: -
+ *Example Values*: homo_sapiens, human
...
...
- Optional:
+ **Name**: expand
+ *Type*: Boolean(0,1)
+ *Description*: Expands the search to include any connected features. e.g. If the object is a gene, its transcripts, translations and exons will be returned as well.
...
...
**Resource info**
- **Methods**: GET
- **Response formats**: json, xml, jsonp
**More info**
https://rest.ensembl.org/documentation/info/symbol_lookup
我们可以从资源字符串GET lookup/symbol/:species/:symbol中看到 此方法包含两个名为“种类”和“符号”的参数，因此我们可以调用 方法如下：
>>>ensembl_rest.symbol_lookup(species='homo sapiens',symbol='TP53')# Or like this...>>>ensembl_rest.symbol_lookup('homo sapiens','TP53')
{'source': 'ensembl_havana',
'object_type': 'Gene',
'logic_name': 'ensembl_havana_gene',
...
...
...
'start': 32315474}
可以使用^{tt4}提供可选参数$ 关键字（要传递的特定参数取决于特定端点， 可以找到正式的端点文档here）
# Fetch also exons, transcripts, etc...>>>ensembl_rest.symbol_lookup('human','BRCA2',params={'expand':True})
{'source': 'ensembl_havana',
'seq_region_name': '13',
'Transcript': [{'source': 'ensembl_havana',
'object_type': 'Transcript',
'logic_name': 'ensembl_havana_transcript',
'Exon': [{'object_type': 'Exon',
'version': 4,
'species': 'human',
'assembly_name': 'GRCh38',
...
...
...
'biotype': 'protein_coding',
'start': 32315474}
post端点的参数也通过^{tt4}提供$ 关键字，例如在下一个示例中：
>>>ensembl_rest.symbol_post(species='human',params={'symbols':["BRCA2","TP53","BRAF"]})
{
"BRCA2": {
"source": "ensembl_havana",
"object_type": "Gene",
"logic_name": "ensembl_havana_gene",
"description": "BRCA2, DNA repair associated [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1101]",
...
...
},
"TP53": {
...
...
}.
"BRAF": {
...
...
"strand": -1,
"id": "ENSG00000157764",
"start": 140719327
}
}
另一个常见的用法是获取已知基因的序列：
>>>ensembl_rest.sequence_id('ENSG00000157764')
{'desc': 'chromosome:GRCh38:7:140719327:140924928:-1',
'query': 'ENSG00000157764',
'version': 13,
'id': 'ENSG00000157764',
'seq': 'TTCCCCCAATCCCCTCAGGCTCGG...ATTGACTGCATGGAGAAGTCTTCA',
'molecule': 'dna'}
如果您希望它在fasta中，可以修改headers：
>>>ensembl_rest.sequence_id('ENSG00000157764',headers={'content-type':'text/x-fasta'})
>ENSG00000157764.13 chromosome:GRCh38:7:140719327:140924928:-1 TTCCCCCAATCCCCTCAGGCTCGGCTGCGCCCGGGGCCGCGGGCCGGTACCTGAGGTGGC CCAGGCGCCCTCCGCCCGCGGCGCCGCCCGGGCCGCTCCTCCCCGCGCCCCCCGCGCCCC CCGCTCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCGCCTCCCCCAGCTCTCCGCCTCCCTTCCCCCT ...
注意，如果保持不变，方法会在字典（json）中请求数据。 使它们易于使用的格式。如果响应不能这样解码， 然后将其作为纯文本返回，如上文所述。
您还可以在程序集之间映射…
>>>ensembl_rest.assembly_map(species='human',asm_one='GRCh37',region='X:1000000..1000100:1',asm_two='GRCh38')# Or...>>>region_str=ensembl_rest.region_str(chrom='X',start=1000000,end=1000100)>>>ensembl_rest.assembly_map(species='human',asm_one='GRCh37',region=region_str,asm_two='GRCh38')
{'mappings': [{'original': {'seq_region_name': 'X',
'strand': 1,
'coord_system': 'chromosome',
'end': 1000100,
'start': 1000000,
'assembly': 'GRCh37'},
'mapped': {'seq_region_name': 'X',
'strand': 1,
'coord_system': 'chromosome',
'end': 1039365,
'start': 1039265,
'assembly': 'GRCh38'}}]}
上述问题（从一个程序集映射到另一个程序集）非常频繁，以至于 库提供了一个专门的类AssemblyMapper来有效地 在程序集之间映射大量区域。这个类避免 每次需要映射时发出web请求的耗时任务 从实例化中获取整个程序集的映射。这个 本身就是一个耗时的操作，但如果必须这样做，它会有回报的 在程序集之间重复转换。：
>>> mapper = ensembl_rest.AssemblyMapper(
species='human',
from_assembly='GRCh37',
to_assembly='GRCh38'
)
>>> mapper.map(chrom='1', pos=1000000)
1064620
你还可以找到正畸，副记录和基因树信息，以及 变化数据和基本的一切Ensembl 必须提供。
如果要实例化自己的客户机，可以使用 ensembl_rest.EnsemblClient类，这个类包含所有 端点方法。
>>>client=ensembl_rest.EnsemblClient()>>>client.symbol_lookup('homo sapiens','TP53')
{'source': 'ensembl_havana',
'object_type': 'Gene',
'logic_name': 'ensembl_havana_gene',
'version': 14,
'species': 'human',
...
...
...}
最后，库公开类ensembl_rest.HTTPError，该类允许 处理请求中的错误。当使用 GET genetree/member/symbol/:species/:symbol查询基因树的端点 为了找到同源和副同源的蛋白质和基因。此终结点返回 当代码为400且错误消息为 Lookup found nothing。我们可以利用这些信息来检测错误 处理它，或者如果我们希望这样做就忽略它：
forgenein['TP53','rare-new-gene','BRCA2']:try:gene_tree=ensembl_rest.genetree_member_symbol(species='human',symbol=gene,params={'prune_species':'human'})# Assuming we have a function to extract the paralogsparalogs=extract_paralogs(gene_tree['tree'])print(paralogs)# Handle the case when there's no gene treeexceptensembl_rest.HTTPErroraserr:error_code=err.response.status_codeerror_message=err.response.json()['error']if(error_code==400) \ and('Lookup found nothing'inerror_message):# Skip the gene with no datapasselse:# The exception was caused by another problem# Raise the exception againraise
贡献
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