Python qiime_专题 - Python中文网

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关于qiime 相关联的Python项目和问题：

bash:python:.py:未找到命令

我试图在安装在macbook上的QIIME2 virtual machine中运行以下命令，但代码无法运行 validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt - ...

2024-04-27 已阅读: n次

使用生物SeqIO写单行FASTA

QIIME请求（here）关于它作为输入接收的fasta文件： The file is a FASTA file, with sequences in the single line format. ...

2024-04-27 已阅读: n次

怎么把Python装进壳里？

debian@debian:~$ echo $PYTHONPATH /home/qiime/lib/: debian@debian:~$ python Python 2.7.3 (defa ...

2024-04-27 已阅读: n次

Illumina概览教程未找到验证映射文件.py

我是新来的。通过遵循Illumina概述教程，我运行了： !validate_mapping_file.py -o vmf-map/ -m map.tsv 然后我收到一条错误消息： /bin/sh: ...

2024-04-27 已阅读: n次

如何从python3.6虚拟环境运行miniconda中安装的qiime2命令

我有一个flask应用程序在python3.6虚拟环境中运行，需要从这个应用程序运行qiime2命令。qiime2安装在miniconda虚拟环境中。我的ubuntu在/usr/bin中有python ...

2024-04-27 已阅读: n次

在多个文件上运行python QIIME脚本

我正在尝试创建一个脚本文件来在多个文件上运行python脚本（来自QIIME管道），而不需要每次都键入脚本（我有大约150个文件，还有更多的文件）。在我使用virtualbox运行一个ubuntu环 ...

2024-04-27 已阅读: n次

如何在子进程中使用整数。

我正在写一个运行qiime的程序。我需要程序来识别用户在命令行上键入的数字，但我认为子流程调用可能不知道数字是整数。你知道吗到目前为止我所拥有的： # Items to import import ...

2024-04-27 已阅读: n次

正在将Qiime下载到CentOS6.4。python版本有问题吗

我正在尝试将Qiime下载到CentOS 6.4。而且在python的版本上有问题。我没有太多处理Linux系统的经验。你知道吗我已经在/usr/bin/python中下载了python2.6.6， ...

2024-04-27 已阅读: n次

pythonpip在安装期间不构建依赖关系

Pip似乎没有在我的Ubuntu服务器上从源代码构建依赖关系，而它总是在我的osx机器上这样做。例如，当我尝试在conda或virtualenv环境中安装包qiime时（我同时尝试了这两种环境），它需 ...

2024-04-27 已阅读: n次

我需要从php运行一个python脚本

我必须用PHP为python编写的软件设计一个接口。目前本软件使用的是从命令行传递输入，大部分输入是文本文件。有一系列步骤，每个步骤都调用一个python脚本。每个步骤都将文本文件作为输入，并在用户决 ...

2024-04-27 已阅读: n次

正在将QIIME脚本作为模块导入，从skbi导入时出错

我试图将QIIME script作为模块导入。当我通过linuxcmd调用它时，该脚本可以工作，但是当我将QIIME脚本作为一个模块导入时，我得到了错误 ~/VirtualENV/lib/python ...

2024-04-27 已阅读: n次

安装python集合

我正在尝试安装一个名为qiimehttp://qiime.org/install/install.html的程序，我已经完成了先决条件的安装，并按照说明进行了构建和安装，但由于python找不到def ...

2024-04-27 已阅读: n次

pynast

pynast的官方源代码库。有关安装和使用pynast的文档，请参见http://qiime.org/pynast。本文档将参考pynast的最新版本。如果您使用的是pynast的开发版本，那么应该参 ...

2024-04-27 已阅读: n次

qiime_2_ll_quick_viewer

qiime 2Ley Lab快速查看器此工具启动一个简单的web服务器，以快速可视化位于data文件夹中的内容一个Qiime 2可视化工件，即由qiime 2生成的文件，扩展名为*.qzv ...

2024-04-27 已阅读: n次

qurro

qurro：定量秩/比观测值 < div > < div > （发音为"churro"。） Qurro将来自如下工具的输出可视化鸣禽或 deicode。它显示了功能排名（由类似工具 ...

2024-04-27 已阅读: n次

pannenkoek

pannenkoek=========qiime中从主otu表创建lefse就绪表的工具。lefse是微生物多样性分析的一个很好的工具，但是如果你想分析两个组之间的多个时间点，有很多重复的步骤。pan ...

2024-04-27 已阅读: n次

qiime

齐姆：微生物生态学的定量研究 http://www.qiime.org qiime允许集成和分析高吞吐量的社区排序数据 J.Gregory Caporaso、Justin Kuczynski、Jess ...

2024-04-27 已阅读: n次

q2-itsxpress

作者 Adam R.Rivers，美国农业部，农业研究处凯尔·C·韦伯，美国农业部，农业研究处引文里弗斯AR、韦伯KC、加德纳TG等。itsXpress：快速修剪的软件具有标 ...

2024-04-27 已阅读: n次

qiime-tools

注意 qiime工具项目现在已经过时，并且替换为PhyloToAST。新项目在github和关于皮皮。Phylotoast可以与PIP一起安装： $ pip install phylotoas ...

2024-04-27 已阅读: n次

qiime-default-reference

qiime默认参考 qiime默认引用是一个包含用于的默认引用数据文件的python包 QIIME。当前的默认引用数据已编译来自greengenes 16srrna数据库版本 13_8。有关 ...

2024-04-27 已阅读: n次

q2-clawback

创建并使用qiime 2中的类权重。此包Python名称：q2-clawback 目前版本： q2-clawback 0.0.3 ...

2024-04-27 已阅读: n次